La construction de l'édifice débute en 1675 et sera achevée en 1707. Détruite peu après, elle est reconstruite en 1713, puis modifiée en 1885.

La richesse de son patrimoine mobilier : maître-autel, chaire à prêcher, vitraux, tableaux, clôture du chœur, chemin de croix, lambris, etc., toujours visible, est reconnue et fait l'objet d'une protection par les Monuments historiques (voir dossier IM59001875).

Sa forme particulière au sein des églises lilloises explique son surnom de "grosse Madeleine" pour les habitants de la ville.

L'église est désacralisée en 1989 et devient un centre d'événements artistiques et culturels.