L'église Saint-Pierre est la troisième construction des Chantiers du diocèse, association de laïcs initiée par le cardinal Liénart, évêque de Lille, destinée à équiper les quartiers en expansion en lieux de culte catholique. Au sein d'une nouvelle paroisse créée à Coudekerque-Branche dans un quartier en cours de construction, une église est élevée en 1959-1960. Un terrain est offert à l'association diocésaine par un ancien officier de marine qui demande que la future église soit dédiée à saint Pierre. Le projet de l'église est confié à l'architecte lillois Emmanuel Maes.