En 1126, le roi de France Louis VI le Gros accorde à la ville de Saint-Riquier le privilège d'une charte communale. Selon la tradition, le beffroi, qui est le symbole de cette liberté communale, aurait d'abord été construit dans la rue Saint-Jean, près de l'échevinage. Mais sans doute en raison de sa trop grande proximité géographique avec l'abbaye royale, en 1283, l'abbé Gilles de Machemont aurait exigé le démontage du beffroi afin qu'il soit reconstruit plus loin. Le beffroi de Saint-Riquier est donc reconstruit à la fin du XIIIe siècle, à son emplacement actuel, à un peu plus de 200 m de l'abbaye.

Lors du siège de la ville par les troupes de Louis XI, en 1475, en représailles aux sympathies que la population avait pu manifester à l'égard des Bourguignons de Charles le Téméraire, le beffroi est incendié et détruit. Il est restauré à la fin du XVe siècle et connait plusieurs phases de réparation jusqu'en 1528.

Le clocher est construit à la fin du XVIIIe siècle. Il conserve une cloche plus ancienne, fondue en 1571 et prénommée "Magdaleine", telle que l'inscription qu'elle porte le précise : EN L'AN MIL CINQ CENS SOIXANTE ET ONZE MONT FAICT FAIRE MESSIEURS MAIEURS ET ESCHEVINS ET HABITANS DE SANG RICQUIER ET MON DONNE A NON MAGDALAINE. Cette cloche était notamment utilisée pour annoncer l'approche d'un ennemi.

En 1788, l'intérieur de l'édifice est transformé afin d'y loger la prison, l'auditoire et les logements de gardes : le cul de basse-fosse, situé sous la prison, est alors comblé, l'escalier est modifié et les anciennes salles voûtées sont remplacées par de simples planchers permettant d'ajouter un niveau supplémentaire et de les éclairer plus largement de fenêtres.

Au cours du XIXe siècle, plusieurs travaux de restauration des maçonneries sont engagés, dont ceux réalisés grâce aux libéralités d'Auguste Maximilien Farcy, rentier de Saint-Riquier qui, en 1870, qui fait don de la somme de 1000 francs pour la restauration de l'édifice. Le souvenir de sa générosité est gravé sur le linteau de la porte sud de l'ancienne prison qui porte l'inscription : RÉPARÉ PAR Me FARCY EN 1871. La charpente a également été refaite à plusieurs reprises. La dernière reprise complète de la charpente remonte à 1925 et a été réalisée suivant les plans de H. Lebon, architecte à Abbeville. L'ensemble des maçonneries et des couvertures ont encore fait l'objet de restauration dans les années 1970.

Inscrit au titre des Monuments historiques en 1943, il bénéficie également depuis 2005 d'une inscription sur la liste du patrimoine mondial de l'Unesco au titre des beffrois de Belgique et de France. Il abrite aujourd'hui l'Office du tourisme.