Le moulin de Beaupré appartient sous l'Ancien Régime au domaine monastique de l'abbaye cistercienne de Beaupré. Cette abbaye est fondée en 1135 par Manassès de Milly, seigneur d'Achy, et bénéficie de nombreux privilèges qui lui assurent une grande prospérité. Dès le 12e siècle, les moines procèdent à des travaux d'aménagement hydrauliques du Petit-Thérain afin d'assurer le drainage et l'irrigation des terrains du domaine. La présence de fossés à ciel ouvert, de canaux souterrains appareillés en pierre de taille ou de ponceaux témoignent de l'importance de ces travaux. Les bâtiments s'organisent de part et d'autre du cours principal de la rivière dévié avec, à l'ouest le cloître (détruit), la salle capitulaire (détruit), l'église (détruite), le réfectoire et le logis abbatial (détruit), et à l'est, la ferme, le vivier et le moulin à blé. Ce dernier bâtiment est attesté dès le milieu du 12e siècle. Mais il semble détruit après 1346, au moment où les troupes d'Edouard III, ravagent une grande partie de l'abbaye.

Le moulin à blé actuel n'est pas antérieur à 1736, selon la date portée sur le linteau de l'entrée sud. Il est contemporain de la reconstruction des bâtiments construits en brique et pierre sous l'abbé commandataire Hippolyte de Béthune, après les tragiques inondations de l'année 1671. Vendu parmi les biens nationaux le 10 mars 1791, il est adjugé à Nicolas Taret, ancien domestique et fermier, pour la somme de 30000 livres. Le moulin est ensuite loué à M. Bercourt qui l'exploite. Le nouveau propriétaire utilise en 1804, une partie de la force hydraulique pour une filature de coton et un atelier de bonneterie installés dans une partie de l'ancien réfectoire de l'abbaye. Mais cette vocation s'essouffle rapidement et l'activité est abandonnée vers 1820 pour se concentrer sur la mouture du blé.

Dans la seconde moitié du 19e siècle, le moulin est victime d'un incendie. Sa reconstruction est réalisée en 1868, en intégrant la modernisation de l'établissement qui est surélevé de deux niveaux supplémentaires en briques pour l'adoption du système de mouture à l'anglaise. Parallèlement, le mécanisme de transmission est renforcé pour le fonctionnement des nouvelles machines, comme l'atteste la date de 1868 gravée dans l'assise maçonnée du beffroi. Le groupe moteur (turbine et alternateur) datant des années 1920 est abrité dans la salle des machines refaite à la même époque par Georges Maillet, entrepreneur à Beauvais, comme l'atteste la plaque en céramique émaillée présente sur le mur nord de cette salle. Actuellement les bâtiments sont désaffectés et menacent ruine. Les quatre meules sont en place ainsi qu'une turbine verticale couplée à un alternateur Gramme avec multiplicateur de couple Citroën et régulateur Camille Dumont et Cie, ingénieur des arts et manufactures à l'usine de construction mécanique de Pont-Saint-Uze (Drôme).