En 1663, le chapitre décide de remplacer le jubé médiéval, mutilé pendant les guerres de religion, par un nouveau jubé au goût du jour. L'ouvrage est réalisé de 1664 à 1666, sous la direction du sculpteur parisien Gilles Guérin, membre de l'Académie royale de peinture et de sculpture. L'artiste est aussi l'auteur du décor figuré du jubé, qui repose principalement sur six statues de pierre, installées chacune sur un haut piédestal dans les entrecolonnements de l'élévation principale de l'ambon. Cet ensemble consiste en trois associations de saints : saint Pierre et saint Paul, les deux piliers de l'Église, les deux jumeaux Gervais et Protais, saints patrons de la cathédrale, enfin saint Rufin et saint Valère, évangélisateurs du Soissonnais vers la fin du 3e siècle.

L'aménagement et la décoration du chœur et de son environnement sont entièrement renouvelés à partir de 1767, sur les plans de Michel-Ange Slodtz et sous la direction du sculpteur soissonnais Antoine Forest ou Forêt. Les écrits du chanoine Cabaret et l'inventaire des archives du chapitre cathédral - rédigé au cours des années 1780 - permettent de suivre la progression des travaux. Un troisième jubé - d'ordre corinthien cette fois - est alors construit à la place du précédent, en réutilisant une partie de ses matériaux. Un généreux don de Monseigneur Henri-Claude de Bourdeilles (1764-1801) finance les deux autels et retables en marbre qui encadrent la porte centrale du jubé, ainsi que leurs ornements en cuivre doré. Ces autels sont vraisemblablement l'œuvre du marbrier hainuyer Thomas, fournisseur de tous les éléments en marbre du nouveau chœur. Enfin, les statues des jumeaux Gervais et Protais, sculptées par Gilles Guérin pour le précédent jubé, sont placées dans les niches ménagées au-dessus des deux nouveaux autels, ces derniers étant désormais consacrés aux saints patrons de la cathédrale. Le serrurier Levasseur parachève l'ouvrage, en installant de petites grilles d'appui devant la porte centrale et autour des chapelles du jubé.

Comme en témoignent de précieuses photographies réalisées peu avant la destruction du jubé en 1866, cette disposition de l'ensemble paraît être restée inchangée - à quelques détails près - jusqu'au milieu du 19e siècle, les autels perdant seulement leurs ornements de cuivre au cours de la Révolution française.

En 1862, le clergé et la fabrique manifestent l'intention d'installer un autel paroissial dans le bras nord du transept, projet d'abord soutenu sans grande énergie en raison des difficultés financières du diocèse. Finalement en 1865, Monseigneur Jean-Jules Dours, sacré l'année précédente, demande au ministre des Cultes de bien vouloir faire opérer le dégagement complet du transept de la cathédrale et faire édifier l'autel monumental désiré dans le bras nord. La destruction du jubé est comprise dans cette requête. Cette éventualité suscite instantanément une vive polémique. À cette époque, les changements de goût et de liturgie incitent certains à considérer ce jubé, non comme une œuvre d'art, mais au mieux comme une œuvre "qui n'est pas sans quelque mérite" (abbé Pécheur). En outre, ce jubé obstrue l'entrée du chœur et empêche les fidèles de suivre les cérémonies qui se déroulent au maître-autel. Enfin, le style de cette clôture n'est pas en harmonie avec l'architecture gothique de la cathédrale. En dépit de réponses pertinentes qui soulignent la cohabitation harmonieuse de styles divers dans de nombreux monuments, et la rareté des jubés subsistants qui les rend d'autant plus respectables, décision est prise de détruire le troisième jubé de la cathédrale. La seule concession accordée est la conservation des deux autels et retables adossés à l'élévation occidentale, et leur réinstallation dans la deuxième chapelle de chaque collatéral du chœur. Cet aménagement, réalisé dans le courant de l'année 1866, a duré jusqu'à nos jours.