Dès 1471, Louis XI veut ériger un autel dédié à Notre-Dame de la Paix, qui sera consacré en 1473 et placé contre un pilier du sanctuaire, à gauche. En face, contre un pilier droit, est érigé en 1475 un autel dédié à Sainte-Anne avec une statue ; un office est institué en juillet 1475. En 1499 l'autel reçoit une statue de la Vierge en argent doré.

En 1748, il est décidé de redécorer le chœur : les douze tombes des évêques en cuivre émaillé et doré sont remplacées par le pavage actuel. En 1750, le sculpteur Adam est chargé de la réfection du chœur : il doit réaliser un nouvel autel, deux crédences et une statue de la Vierge en plâtre qui coûte 4000 livres environ. L'ensemble est livré entre 1755 et 1758 et le nouvel autel est inauguré en 1758. Les grilles actuelles sont posées ou redorées à cette même époque, elles ont été réalisées par Antoine Pichet, Benoît et Gabriel Parent, et commandées en 1739.