Rien n'est connu sur l'orgue de l'église sous l'Ancien Régime. Alexandre Michaux signale qu'il disparaît - au moins la partie instrumentale - pendant la Révolution française. D'abord réparé en août 1791 avec des éléments provenant de l'orgue de l'abbaye de Longpont, il est finalement vendu le 20 fructidor an 2 (6 septembre 1794) au citoyen Lafarge, chaudronnier, qui fait des cuillers avec l'étain des tuyaux.

D'après l'article rédigé par le doyen Julien Viéville, la princesse Pauline Bonaparte, sœur de Napoléon Ier et veuve du général Leclerc, propriétaire du château de Montgobert, offre en 1802 à l'église de Villers-Cotterêts un orgue provenant d'un établissement religieux parisien. L'un des tuyaux de la montre porte alors une inscription signalant la restauration de cet instrument par le facteur d'orgues Antoine-Jean Somer en 1789, par les soins de la prieure du monastère d'origine, Louise-Adélaïde de Montmorency-Laval. L'orgue provient donc du prieuré de Bénédictines Notre-Dame-de-Grâce de La Ville-l’Évêque (Paris) dont Louise-Adélaïde de Montmorency-Laval était prieure au moment de la Révolution. L'orgue est à nouveau restauré par le même facteur d'orgues et accompagne désormais les offices de l'église cotterézienne. On ne connaît aucune photographie ou dessin reproduisant son apparence. Selon le doyen Viéville, le buffet n'avait que peu d'intérêt artistique, étant constitué d'une montre agréable d'aspect, mais entourée de gros tuyaux factices. Le baron de Guilhermy, qui visite l'église en 1862, apporte d'indispensables précisions en mentionnant un buffet d'orgue qui date probablement du 17e siècle, à figures d'anges, rinceaux et cornes d'abondance.

Vers la fin du 19e siècle, l'instrument complètement délabré finit par rester muet : la soufflerie est enlevée, les claviers et leur mécanique sont hors de service, les sommiers sont insuffisants et percés. Le 30 juillet 1893, la fabrique décide de consacrer le legs testamentaire de 5000 F, fait par Louis Salanson, ancien président de la Fabrique et conseiller général de l'Aisne, au rétablissement de l'orgue. Parmi divers projets, le conseil de Fabrique s'arrête au plan et au devis de la maison J. Merklin et Cie de Paris qui s'élève à 16000 F. Le legs de Louis Salanson et un don équivalent de son fils Maurice permettent de régler les deux tiers de la dépense. Une souscription et les dons de paroissiens apportent le complément. L'orgue est construit en 1894. Le 22 novembre de cette année-là, l'instrument terminé est visité dans les ateliers parisiens de la maison Merklin. Après installation dans l'église de Villers-Cotterêts, l'orgue est béni par Mgr Duval, évêque de Soissons, et inauguré le 17 janvier 1895. Une plaque commémorative, qui rappelle cette date et les noms du facteur d'orgues et des principaux donateurs, est apposée au centre du buffet.

L'orgue a été restauré après la Première Guerre mondiale, en 1922 ou 1923. L'inventaire des orgues de l'Aisne précise qu'en cette occasion, la maison Cavaillé-Coll-Mutin a procédé à quelques modifications de jeux, remplaçant des jeux d'anches au Grand-Orgue par un Bourdon de 8 pieds et un Nasard, et installant au Récit une Trompette et un Basson-Hautbois.