L'histoire du cimetière est liée à celle de l'église de Bonneleau. Il était à l'origine celui de la paroisse de Bonneleau, mais il est rattaché à la commune de Fontaine-Bonneleau au 19e siècle (date précise inconnue). Les tombeaux les plus anciens encore visibles datent de la seconde moitié du 19e siècle.

À l'occasion de la reconstruction de l'église de Bonneleau par la famille Genêt de Chatenay dans les années 1870, le caveau de la famille de Saisseval de Rigoville (seigneurs possédant le château au 18e siècle) qui, d'après la tradition locale, se trouvait dans le chœur de l'ancienne église, est déplacé à l'extérieur, dans le cimetière. Il est toujours visible au fond de celui-ci.