La plus ancienne mention connue de la paroisse date de la fin du XIe siècle, époque à laquelle Enguerrand - dit de Coucy -, futur évêque de Laon, donne au chapitre cathédral de Soissons un tiers du revenu de plusieurs paroisses, parmi lesquelles figure celle de Faverolles. Deux chapellenies sont fondées dans l'église avant 1302, date de rédaction d'un règlement relatif aux bénéfices dépendant de l'église cathédrale de Soissons et qui mentionne la chapellenie Saint-Michel et la chapellenie Notre-Dame de Faverolles. Il est possible que l'église n'ait pas toujours eu le même patron spirituel, car un pouillé de 1572 lui donne pour vocable "Sancta Maria de Faverolles". Mais il doit probablement s'agir d'une confusion avec l'une des chapellenies. Quoi qu'il en soit, l'église portait le vocable de Saint-Pierre au XVIIIe siècle, vocable qui est toujours le sien actuellement.

La destruction de l'ancienne église au cours de la Première Guerre mondiale et l'insuffisance des photographies la reproduisant ne permettent pas d'en effectuer l'analyse archéologique. D’après le plan relevé par Étienne Moreau-Nélaton au début du XXe siècle, cette église était alors formée d’une nef de trois travées longée par deux collatéraux, d’un faux transept - correspondant au chœur surmonté du clocher et encadré par deux chapelles -, et enfin d’un sanctuaire à chevet plat. Au nord du sanctuaire, avait pris place la chapelle seigneuriale, à laquelle répondait la sacristie, du côté sud. Une autre chapelle, réservée aux fonts baptismaux, avait été greffée sur la chapelle du collatéral nord, contre laquelle s’élevait également l’escalier d’accès au comble.

Il semble, d’après les cartes postales éditées avant 1914 et les relevés réalisés en 1919 par l'architecte Frédéric Bertrand, que la partie la plus ancienne de l’édifice correspondait au chœur, sans doute construit vers la fin du XIIe siècle (forme des baies du clocher) ou au début du XIIIe siècle (puissants contreforts à glacis successifs du chevet). En revanche, la nef et ses collatéraux, dont l'entretien relevait des habitants, avaient été rebâtis en partie ou en totalité au début du XVIe siècle, ce que prouvaient la forme de la toiture du collatéral nord, ainsi que la date de 1527 inscrite près de la porte donnant accès au même collatéral. La chapelle seigneuriale avait été rajoutée au nord du sanctuaire en 1545, aux frais de Jean de Beauvais, seigneur de Faverolles, comme le spécifiait l'épitaphe de ce personnage rapportée par Étienne Moreau-Nélaton. La chapelle a d'ailleurs conservé cet usage jusqu'à la Première Guerre mondiale. Les seuls documents d'archives connus par la suite concernent des travaux d'entretien effectués à la charpente et à la couverture de la nef vers 1757. Ni la date de construction de la sacristie - antérieure à 1805 -, ni celle de la chapelle des fonts baptismaux ne sont connues. Cet édifice avait été restauré dans le courant du XIXe siècle. Dans un article publié en 1862, Jules Leclercq de Laprairie souligne que la plupart des chapiteaux du chœur et du transept viennent d'être refaits dans le style du XIIIe siècle. Un porche avait également été construit en avant de la porte occidentale de la nef en 1889 (date portée). L'église était alors environnée d'un cimetière, qui s'étendait surtout sur son flanc nord, jusqu'à l’actuelle rue Pavée.

Faverolles est gravement touché par les bombardements de la Première Guerre mondiale, principalement au cours de la bataille de l'Ourcq en juillet 1918. À l'issue de la guerre, les murs de l'église se dressent encore ; mais ils menacent ruine. La Commission préfectorale de déblaiement déclare le monument irréparable le 11 mars 1920 et le classe dans les immeubles à démolir. En juin 1927, la commune, adhérente à la Société coopérative de reconstruction de Faverolles, Ancienville, Corcy et Oigny-en-Valois, confie à cette société la reconstruction de son lieu de culte. L'église est rebâtie en 1928-1929, à l'emplacement de la précédente - et sans doute sur ses fondations -, sur les plans et sous la direction des architectes parisiens Frédéric Bertrand et Pierre Durand. Le décor porté est exécuté par le sculpteur Bridier. Une plaque commémorative apposée dans l'entrée de l'église mentionne ces dates et le nom des principaux intervenants.

Un projet d'aménagement des abords de l'église a été demandé vers 1930 à l'architecte-paysagiste René-Édouard André, dessein imposé par les modifications introduites par la guerre dans cet espace géographique et par la désaffectation du cimetière. Si une délibération du Conseil municipal du 2 juin 1930 mentionne clairement la sollicitation de ce grand créateur de jardins et l'envoi de son devis, aucun document consulté n'a permis en revanche de savoir si cette entreprise avait dépassé le stade de l'intention.