Après l'incendie de l'entrepôt des sels édifié à cet emplacement en 1844, ce premier entrepôt des tabacs (quai de la Citadelle) est construit en 1868 pour Constant Bourdon, riche négociant, sur une partie des quinze hectares de terrain de l'ancienne citadelle qu'il avait acquis dès 1833. Ce bâtiment-ci est antérieur d'environ vingt ans au deuxième magasin des tabacs (quai Freycinet), également construit pour Constant Bourdon en 1888 (IA00074952).

Pendant le dernier quart du XXe siècle, l'État acquiert la Manufacture des Tabacs de Lille, et les entrepôts dont celui-ci. Partiellement détruit pendant la Deuxième Guerre mondiale, restauré après 1945, l'entrepôt des tabacs est cédé au Seita en 1965.

Repris en 1974 par la Ville de Dunkerque; le bâtiment devait accueillir, d'après les projets de la fin des années 1980, un futur lycée technique ou être affecté à l'université des sciences et techniques de Lille-Flandre-Artois (future université de la Côte d'Opale). Le projet de réhabilitation de 1986-1988, porté par les architectes Jérôme Soissons et Paul Chavy, a finalement été modifié.

L'édifice accueille aujourd'hui (2024) le Musée maritime et portuaire de Dunkerque, anciennement "maison de la vie et des traditions portuaires".