Les travaux historiques relatent la construction d'une première église au 7e siècle par l’abbé Jean, sous le patronat de saint Etienne. L'élévation des reliques d’Amand a conduit à mettre l'abbaye sous le patronage d’Amand. Suite aux ravages (dont l'importance est inconnue) des Normands en 881, l'édifice est reconstruit en 1040 par abbé Malbode. La consécration a lieu en 1088. Des sinistres sont subis en 1340 sous Guillaume de Hainaut puis en 1477. Les reconstructions semblent faites à l’identique, ou du moins sur le même plan, donnant quelques signes d'archaïsme pour rester en homogénéité de la tour occidentale et la crypte (placée en arrière du chevet) non touchée par les dommages. Le martyria voûté sur 12 arcs était surmonté d’une chapelle dédiée à Saint-Michel et possédait une salle haute formant tour qui rappelle la crypte de Saint-Pierre-le-Vif, à Sens. La crypte était indépendante de l’église, construite à l’emplacement du martyrium détruit. La tour à l’ouest construite au 10e siècle pour Suzanne, l’épouse répudiée de Robert le Pieux qui s'était retirée au monastère, et inachevée à sa mort en 1003, subsiste jusqu’à la reconstruction de l'abbé Dubois.

Ce dernier met en oeuvre la reconstruction la plus majestueuse de l'abbaye entre 1628 et 1673. Les historiens ayant étudié l'abbaye constatent qu'une reconstitution de cette reconstruction de l’abbaye se heurte aux sources. En effet, parmi les plus célèbres témoignages et récits, la chronique de dom Landelin Delacroix de 1699 est écrite 60 ans après début travaux. L'iconographie ne permet pas non plus une véritable connaissance de l'édifice au moment de son achèvement ; les vues de Sanderus (1645) (fig.), Harrewyn, Giffart, Antoine Aveline, des vues anonymes de 1642 dont une d’après tableau de Jean-François Neyts, celles de Douelle ou Laurent Duelin sont antérieures à la fin du chantier. La tour porte la date de 1633 et les plans réalisés par Claude Masse en 1745 témoignent de la majesté de l'église. Il semble que la reconstruction a été dessinée par abbé Dubois lui-même, et qu'elle a été consacrée essentiellement à la façade et la tour de l'église (1628-1640). Celle-ci est reconstruite en 1648, les bâtiments de l'abbaye entre 1634 et 1639 par les moines réguliers. L'abbaye, à l'exception de la tour de l'église, fut détruite lors de la Révolution. Depuis 1810, de nombreuses opérations de restauration de la tour ont été réalisées.