Une église dédiée à saint Jean-Baptiste existe à Buysscheure dès le XVIe siècle, comme en témoigne la tour-clocher carrée, vraisemblablement datée de cette époque, voire du XVe siècle. Suite à une destruction dont l'origine reste à ce jour indéterminée, l’édifice est reconstruit en 1693, non sur ses anciennes fondations, mais à l’ouest de la tour primitive, qui subsiste et sert dès lors de clocher placé contre le chœur à fond plat. L’arcade qui ouvrait autrefois sur la nef d’origine demeure visible au revers du chœur actuel. L’église est ensuite agrandie de deux travées en 1759.

Une première campagne de réparations conséquentes est engagée entre 1824 et 1825 sous la direction de Gesse Gervais, architecte départemental à Hazebrouck (AD Nord, 2 O 118/14). Le 12 mars 1824, les travaux sont adjugés à Jacques Devulder, entrepreneur du village. Le procès-verbal de réception du 15 mai 1825 mentionne la réfection des nochères, de la charpente en chêne, de la couverture en ardoises et de la maçonnerie en brique, complétée par la reprise de la nef sud. Le devis du 12 décembre 1822 décrit un état très dégradé : nochères en mauvais état provoquant des infiltrations, charpentes altérées et maçonneries endommagées dans la partie supérieure de la tour, des contreforts et du pignon. La couverture est alors remplacée par des ardoises anglaises, les charpentes refaites en chêne, et les travaux exécutés dans un délai de quarante jours.

Le plan de 1830 (ill.) permet d'observer que l'église est enserrée d'un fossé en eau sur la quasi totalité de sa périphérie, que traversent divers ponceaux.

Une nouvelle réfection de la couverture intervient en 1847 (AD Nord, 2 O 118/14), toujours sous la direction de Gervais. Les travaux sont adjugés le 3 août à Pierre Pacou, entrepreneur local, pour la pose d’ardoises neuves des carrières de Fumay (59) sur plancher de sapin, et le remplacement partiel de la couverture de la nef. Le devis, daté du 26 janvier 1847 et approuvé par le préfet le 25 juin 1847, précise une durée d’exécution de vingt jours. Les travaux sont reçus le 9 octobre 1847.

À la suite d’un ouragan de grêle survenu en 1854, de nouvelles et importantes réparations sont à nouveau engagées en 1856, toujours par l’entrepreneur Jean Pacou de Buysscheure (AD Nord, 2 O 118/13). Elles concernent principalement la remise en état de la couverture en ardoise et le remplacement de vitraux brisés.

En 1882, la commune décide le remplacement des nochères de toiture, jusque-là en plomb et cuivre (AD Nord, 2 O 118/15). Un marché de gré à gré est passé le 20 août 1882 avec Léonard Duhoo, ferblantier à Rubrouck, approuvé par le préfet le 12 septembre. Les nochères sont refaites en cuivre, et les travaux reçus le 19 novembre 1882, après vérification par Auguste Demol, ferblantier de Buysscheure.

À la fin du siècle, la flèche du clocher fait l’objet d’une importante restauration (AD Nord, 2 O 118/16). Le devis du 29 avril 1899, approuvé le 1er septembre 1900, est établi par Louis Croin, architecte à Tourcoing. Les travaux, adjugés à Pierre Vanwarreghem, entrepreneur de Lederzeele, par un marché de gré à gré du 27 septembre 1900 (pour 3 102,92 F), concernent la réfection de la pointe de la flèche, la reconstruction de la balustrade, des chéneaux, et la mise en œuvre de briques jaunes de Dunkerque, de plomb laminé, de chêne de Valenciennes et de sapin rouge. L’urgence des travaux est signalée dès février 1900, la tour menaçant de s’effondrer sur l’école des garçons, voisine. Le curé Henri Debril participe au financement (3 février 1900), tandis que la Commission départementale accorde un secours de 600 F lors de sa séance du 4 avril 1900. Les travaux sont différés à l’hiver suivant à cause des intempéries.

Au début du XXe siècle, deux chapelles latérales octogonales sont ajoutées au départ des collatéraux. Une rénovation du clocher est mentionnée en 1999 (Voix du Nord, 17 juin 1999).

Enfin, une restauration générale de l’église est menée en 2013-2014 avec le concours du Département du Nord et de la Sauvegarde de l’Art français, qui participe à hauteur de 20 000 €, dont 10 000 € au titre du mécénat Duprez-Mulliez. Trois chantiers simultanés concernent la tour-clocher, les trois nefs et la façade principale, avec reprise des maçonneries, de la charpente, de la couverture et restauration des vitraux (L’Indicateur des Flandres, 21 août 2013).