Comme la plupart des églises rurales de la région, il est difficile de dater celle du Quesnel-Aubry avec précision. Le pouillé de la province de Reims notifie qu'en 1320, c'était une chapelle sous le patronage de l'évêque de Beauvais. Était-elle alors la chapelle d'un manoir seigneurial ? Quoiqu'il en soit, le qualificatif de "capella" indique que ses dimensions étaient modestes et qu'elle n'était pas le siège d'une paroisse.
Bien que ses maçonneries aient fait l’objet de remaniements et reprises successifs, il semble que l’édifice actuel remonte au 16e siècle (chœur à trois pans, remplage flamboyant de la baie de la chapelle, arc en anse de panier de l’entrée occidentale). Cette datation correspondrait également à la période des reconstructions d’églises que connaît la Picardie après les guerres de Cent Ans.
La chapelle accolée au côté nord du chœur pourrait avoir une origine seigneuriale (un manoir avec domaine agricole situé juste au nord de l’église était encore visible sur le cadastre de 1808).
La sacristie a été construite dans un second temps.
Le dossier de l’église du Quesnel-Aubry conservé aux archives départementales de l’Oise rend compte de plusieurs travaux dans l’édifice au cours du 19e siècle. Les toitures sont réparées dans la première moitié de ce siècle. En 1872, plusieurs restaurations ont lieu : carrelage, marches du sanctuaire et surtout travaux sur les voûtes par E. Colas (charpente, voûtes du chœur et de la chapelle, confection des arcs doubleaux, corniches et arêtiers en plâtre). L’année suivante, Adolphe Richard, menuisier à Montreuil-sur-Brêche installe les planchers, bancs, stalles et lambris d’appuis du chœur. M. Darras réalise les décors peints de ces boiseries.
En 1907, de nouvelles réparations sont menées sur la toiture de l’église.
L’édifice est restauré au début des années 2000 dans le cadre d’un programme de subventions octroyées par le département de l’Oise.
Photographe au service de l'Inventaire du patrimoine culturel de la région Hauts-de-France (2023).