Ce cimetière s’est constitué au Moyen Âge autour de l’église reconstruite au XVIe siècle. D’après les recherches de l’Association pour la connaissance et la conservation des calvaires et des croix du Beauvaisis (ACCCCB), il est agrandi en 1788 et la croix de chemin qui se trouvait dans cette zone est alors déplacée dans le cimetière où elle se trouve toujours. Elle est remplacée en 1811 grâce une donation de François Vaconsin.

En 1839, les habitants demandent au conseil municipal qu’un nouveau cimetière soit établi à l’extérieur des habitations. En effet, le cimetière paroissial autour de l’église se fait trop étroit et pose des problèmes de salubrité. Pourtant, la commune formule un projet d’agrandissement de ce lieu d’inhumation originel qui viendrait s’étendre juste en face de l’école qui doit être construite. Les habitants protestent.

La translation du cimetière est finalement décidée en 1849 par le conseil municipal, malgré les protestations d’une partie de la population, "surtout les vieilles femmes", d'après l'une des lettres du maire au sous-préfet.

Toutefois, le projet ne parvient pas à aboutir en partie en raison d’une administration complexe du territoire communal : à cette époque en effet, Bacouël est un hameau de Chepoix et il est un temps question de construire un cimetière commun entre ce dernier et Chepoix. Le conseil municipal vote en 1860 l’achat d’un terrain pour y installer un nouveau cimetière pour Chepoix à environ cinq cents mètres des habitations au bord de la route en direction de Bacouël. Mais, finalement, ce projet est annulé. L'année suivante, c'est le maintien du cimetière de Chepoix autour de l’église qui est acté. La commune refuse même le terrain que monsieur Vaconsin lui offre gratuitement. Seule la section de Bacouël bénéficie d’un nouveau cimetière, établi en 1867 au lieu-dit "Sous la Chapelle", emplacement où il se trouve toujours.

Comme l’indique la date sur le portail d’entrée, ce dernier est remplacé en 1889. Les initiales "S. L." pourraient renvoyer à saint Léger, patron de la paroisse ou bien à Charles Lebon-Seillier, le maréchal ferrant qui aurait fabriqué le portail. Seillier était le nom de jeune fille de sa femme (archives de l’ACCCCB).

Le nouveau cimetière de Chepoix est finalement installé bien plus tard, dans la seconde moitié du XXe siècle au bord de de la route vers Bacouël (IA60005371).

Quelques tombeaux se démarquent comme celui de la comtesse de Méry qui occupait le château de Warmaise. Il se trouve tout de suite à gauche en entrant. Elle meurt en 1824 et son tombeau semble avoir été érigé peu de temps après. L’instituteur Jean-François Daix, décédé en 1835, repose dans le tombeau de sa famille réalisé par le marbrier Bertin probablement dans la seconde moitié du XIXe siècle. Les tombeaux encore conservés aujourd’hui ont été réalisés à la limite des XIXe et XXe siècles par des marbriers connus localement. Outre Bertin, les noms de Leclaire ou Lefranc ont été repérés. C’est celui de Guilbert qui revient le plus souvent.