Saint-Gratien doit son nom au martyr éponyme, tué là en 303. Un oratoire fut rapidement établi sur sa tombe. Il fut donné en 1113 au prieuré de Saint-Denis d'Amiens. Bien que le corps de saint Gratien ait été transféré à l'abbaye Notre-Dame de Coulombs (diocèse de Chartres) vers le 11e siècle, la tradition locale est demeurée vivace, ainsi qu'en atteste la récente reconstruction de l'oratoire. Saint-Gratien était par ailleurs dès le Moyen Age le siège d'une seigneurie (Simon de Saint-Gratien, 1314).

A cette seigneurie était attaché le beau château reconstruit juste avant la Révolution pour la famille Jourdain de Thieulloy, qui l'habite toujours.