A Flixecourt, l'instruction des jeunes filles est assurée depuis le milieu du 18e siècle par les religieuses de la Providence de Rouen. Après la Révolution, période durant laquelle l'enseignement est assuré par une personne laïque, l'enseignement est dévolu aux sœurs de la Sainte Famille, qui accueillent les jeunes filles "dans une maison construite à cet effet dans l'ancien potager du prieuré". La commune assure le financement partiel et le fonctionnement de l'établissement. Cette ancienne école, construite en 1743, est visible sur le cadastre napolénien de 1834, à l'est du presbytère, et mentionnée sur le projet de rémanégement du presbytère, réalisé en 1828 par l'architecte Marest. L'édifice, aujourd'hui très restauré (actuel n°5 impasse de l'Eglise), également visible sur les cartes postales du début du 20e siècle, est vendu par la commune en 1854, après l'ouverture de la nouvelle école. Deux institutrices de la Sainte Famille y sont recensées en 1851.

Vu le grand nombre d'enfants, qui s'élève à 180 en hiver, le maire demande, en octobre 1828, le paiement d'une seconde soeur pour l'école de filles. L'école est cependant trop petite pour aménager une seconde classe et le logement de la seconde enseignante doit également être fourni par la commune. En avril 1829, un devis est soumis au conseil municipal pour la construction d'une seconde salle de classe de 6 m de long sur 4 m de large, contre la classe existante.

La commune, qui vient de s'engager dans la reconstruction de l'école des garçons ne peut s'endetter plus lourdement pour la construction d'un bâtiment similaire destiné aux jeunes filles. Elle propose alors de prolonger le bâtiment d'école existant (actuel 5 impasse de l'Eglise), d'affecter à usage de classe une partie de la mairie et réclame un second poste d'enseignante avec un logement supplémentaire.

En 1849, la municipalité est autorisée à faire l'acquisition des propriétés situées entre le presbytère et l'église. L'école de fille est construite après 1854, date d'acquisition des terrains. Le recensement de 1872 indique la présence de cinq institutrices et de trois élèves pensionnaires logés dans l'école. En 1881, y logent quatre institutrices et deux élèves pensionnaires. En 1893, la municipalité envisage à nouveau une extension de l'école de filles. En 1906, trois institutrices sont domiciliées dans l'école. En 1908, l'école des filles est transférée dans de nouveaux locaux. Le bâtiment accueille alors la bibliothèque municipale. En 2009, il est converti en logements locatifs.