L'histoire de l'église Saint-Étienne de Béthencourt-sur-Mer n'est connue que très partiellement. Sa forme allongée, ses deux bas-côtés, son chevet à trois pans ainsi que ses pierres de taille en calcaire encore quelque peu présents sur la maçonnerie du chœur orientent vers une construction du XVIe siècle.

Les archives paroissiales indiquent que l'église de Béthencourt-sur-Mer était une succursale de celle de Tully jusqu'en 1686. Elle est érigée en paroisse à cette date. Ces mêmes archives relatent un agrandissement de l'église opéré en 1766, d'où la reprise des murs en briques et silex effectuée sur l'ensemble de la maçonnerie de la nef et des bas-côtés. Le chœur a quant à lui été restauré en 1781, comme en témoigne la date portée à l'extérieur sur l'arc d'une des baies ainsi que le témoignage relatant la demande effectuée par le lieutenant-général au baillage d'Amiens, réclamant aux bénédictins d'entreprendre des travaux dans le chœur "qui ne peut actuellement pas convenir avec la nef récemment reconstruite". En 1830, François Isidore Scellier, curé de Béthencourt jusqu’en 1881, effectue de nombreux travaux notamment au niveau du portail.

Michel Bignard, maire de Béthencourt-sur-Mer de 1904 à 1919, commande deux vitraux localisés de part et d'autre du-maître-autel. Ils sont dédiés à sa fille, décédée à l'âge de 16 ans de la grippe espagnole en 1918.

Le cimetière, qui prenait place autour de l'église, est déplacé en 1909.