L'évolution de l'ameublement et du décor de l'église de Jouaignes n'est pas connue avant le 18e siècle, époque à laquelle peuvent être datés certains aménagements (chœur, fonts baptismaux). Le maître-autel et l'autel secondaire de la Vierge en pierre sont posés dans la seconde moitié du 19e siècle. A cette date, 5 verrières ornent les baies de l'église : Saint Pierre délivré par l'Ange, Saint Pierre recevant les clefs de Notre Seigneur, Nativité, Calvaire, Saint Joseph. 2 tableaux représentant la Crucifixion, et l'Adoration des Bergers (d'après le tableau de Rubens de la cathédrale de Soissons ?) complètent alors le décor de l'église. Lors de la restauration de l'église en 1929, une grande partie du mobilier est reconstituée (autels, sièges), et une verrière à personnages est posée dans la baie axiale du chœur.