L'ensemble des éléments de verrières aujourd'hui remontés dans les baies du chœur est contemporain de la reconstruction de cette partie de l'église dans les premières décennies du 16e siècle. En revanche, les armoiries figurant sur la baie 1, recomposées à l'époque moderne, n'ont pas été identifiées. Comme les travaux de reconstruction du chœur, les verrières sont probablement dues à la famille de Gouy, qui tenait la seigneurie de Villers à cette époque et percevait l'essentiel de la dîme.

Les panneaux les plus complets (Crucifixion, sibylles), mais également la figuration des anges et des donateurs, sont caractéristiques de l'art du vitrail du début du 16e siècle, ce que confirment les éléments de datation apportés par les détails vestimentaires. La verrière de la baie 2, qui représente la Crucifixion et des scènes de la Passion, est probablement la plus ancienne, même si elle devait être placée à l'origine traditionnellement dans la baie 0.La date peinte sur un fragment rapporté, même si elle n'est pas à son emplacement d'origine, semble originale. Le Christ en croix avec la Vierge et saint Jean, remontés dans le tympan de la baie 0, les scènes du Jugement dernier de la baie 1 pourraient dater de cette même campagne. Les autres scènes pourraient dater du deuxième quart du 16e siècle, tandis que les figures des sibylles de la baie 0, et les donateurs de la baie 1, davantage marqués par le style de l'École de Fontainebleau, pourraient avoir été réalisés au milieu du 16e siècle.

Les verrières anciennes ont été restaurées au 19e siècle et regroupées dans trois baies du chœur et deux tympans. Déposées à nouveau en 1939, elles n'ont pas été replacées après guerre à leur emplacement d'origine.