Avant de connaître son appellation actuelle, la commune du Crotoy s'écrivait 'Greta' en 663, 'Crotérium' en 1237, 'Crotolium' en 1258 et 'Courtoy' en 1421 (source : Decas). Étymologiquement, le nom de la commune proviendrait du terme 'crot' désignant un banc de sable formant abri selon les Celtes (source : Fl. Lefils). D'ailleurs, le 'banc de barre-mer' est un banc de galets surélevé par rapport au niveau de la mer où s'est établi un village romain, à l'ouest de la commune : une partie de ce site a cependant été enlevée par la mer, et l'on a pu trouver des vestiges de poteries et de monnaies lors de fouilles au plus près de la plage. Près de l'ancienne église Saint-Pierre, au coeur de l'actuel quartier de l'Aviation, on a pu trouver les vestiges d'une villa. A cette époque existe un autre établissement romain à 'Maye-Hoc' (actuel Mayoc qui devient commune en 1209 avant d'être intégrée au Crotoy vers le 14e siècle). Au sud de la commune est établi à partir du 8e siècle le château du Crotoy. Vers le 12e siècle, des fortifications sont dues à Jean, comte de Ponthieu, pour répondre à celle de Saint-Valery-sur-Somme, édifiée par le comte Bernard. A la mort de Jeanne de Castille, comtesse de Ponthieu, le Crotoy devient anglaise, sa fille Aliénor étant l'épouse de Henri III, fils du roi d'Angleterre. S'ensuivent de longues batailles pour la reconquête française et la destruction continuelle des murailles. En 1430, Jeanne-d'Arc est emprisonnée dans le château avant d'être emmenée à Rouen. Un village se développe derrière ces murs, ponctuellement défendus par des tours. En 1674, le château est détruit, marquant la fin de l'histoire défensive du site. Parallèlement au site défensif, un port de pêche et de commerce se développe au pied de l'enceinte et supplée rapidement à la déficience de celui de Rue qui s'ensable (cette ville était reliée à la Manche par la Maye). Le commerce avec l'Espagne, le Portugal et la Hollande est tellement important que certains s'installent définitivement au Crotoy. Mais ce dernier s'ensable aussi progressivement et pendant tout le 19e siècle, la ville cherche à contourner cette situation en même temps qu'elle doit lutter contre la concurrence de Saint-Valery-sur-Somme qui cherche de son côté à être le débouché du canal de la Somme. Au Crotoy, Florentin Lefils est un acteur principal de ce dossier. Dès 1832, il préconise la construction d'un bassin de chasse, finalement réalisé dans les années 1860 à l'emplacement d'un ancien parc à huîtres. La population locale était composée d'agriculteurs et de pêcheurs. Ces derniers embarquent sur de gros tonnages et pêchent près des côtes anglaises, ou sur de plus petits bateaux pour une pêche près des côtes du Nord de la France. Les plages étant très basses, l'accès au port est difficile : les bateaux ne reviennent que tous les quinze jours, ils vendent leur poisson à Dieppe, au Tréport ou à Boulogne. Au début du 20e siècle, on compte 202 marins et 62 navires, pour un produit de 301.000 francs (source : Demangeon). En 1929, on compte encore 170 inscrits maritimes (source : guide touristique). Sur les 301.000 francs du produit de la pêche, 266.000 francs proviennent de la seule pêche au ver marin (source : Demangeon). Cette traque au ver est une activité d'appoint surtout exercée par les femmes (les 'verrotières') et les enfants : les vers sont ensuite vendus aux grands ports de pêche de Boulogne-sur-Mer ou de Dieppe. La pêche à pied concerne les coques (ou hénons, ou guilles) d'octobre à avril, les crevettes, mais aussi le goémon échoué sur la plage. La pêche 'à la sauvagine', pratiquée par les personnes âgées, les femmes et les enfants, consiste à tendre des filets verticaux où les poissons restent piégés lors du passage de la marée haute à la marée basse. L'hiver, le pêcheur devient un oiseleur : il tend ces mêmes filets au bouts de 'flairons' ou 'fleurons' (perches des bois) et capture des oiseaux de mer. Parallèlement à l'activité de pêche, les chantiers de construction navale emploient quelques Crotellois qui s'installent près du square Jeanne-d'Arc, au plus près du port. Avec le développement des bains de mer à la fin du 19e siècle, les activités de la population locale se diversifient : l'appoint saisonnier vient désormais de la location, mais aussi du commerce. Les pêcheurs qui ont des permis de plaisance embarquent des 'étrangers' pour la chasse en mer : les oiseaux, non comestibles, se vendent pour leur duvet, alors que les pêcheurs les mangent en salmis (source : Meurant). A partir de 1912, une école d'aviation est établie par les frères Caudron, le long de la plage. Ces activités ont permis à la commune de maintenir le nombre de ses habitants, et même à la voir augmenter depuis 1876, malgré une baisse temporaire entre 1931 et 1936, année où la commune connaît le nombre la plus important de sa population. Malgré tout, depuis cette date, le nombre d'habitants baisse sensiblement, sans toutefois que la commune n'ait atteint son chiffre de 1876 : au dernier recensement de 1999, la commune comptait 2439 habitants. La commune comprend des espaces protégés au titre des sites (loi 1930) : site dit du littoral picard (inscrit, 20 juin 1975), massif dunaire du Marquenterre (classé, 18 septembre 1998). Aucun édifice n'est protégé au titre des Monuments historiques.

En 1835, 1837 et 1849, Victor Hugo visite par trois fois la Côte picarde. En 1835, il se rend uniquement au Tréport, mais lors d'un second voyage dans le Nord de la France, en 1837, après des étapes à Amiens, Picquigny, Abbeville, Saint-Riquier, Doullens, Arras, Boulogne, Étaples, Montreuil-sur-Mer, Crécy, Bruxelles, Bernay, Victor Hugo entreprend de visiter la côte plus au nord. Il visite notamment Le Crotoy.

Le 6 septembre 1837, il écrit du Tréport : "Je n'ai pu résister au Tréport. J'en était trop près. Il m'attirait trop violemment, m'y voici. J'y suis arrivé cette fois à la marée basse. C'est toujours un lieu ravissant.

Hier, j'ai fait à pied une excursion au Crotoy, charmant petit port vis-à-vis Saint-Valery, à l'embouchure de la Somme. Au moment où j'arrivais, c'était le départ des barques, chose toujours admirable et toujours nouvelle. Toutes les voiles, dessinées nettement par les angles, s'enlevaient en noir sur le ciel et sur la mer qui éblouissaient. Je t'aurais voulue là, chère amie." (p. 43)

Le 8 septembre 1837, il écrit de Dieppe  : "Le port de Saint-Valery était charmant au crépuscule. On distinguait au loin les dunes du Crotoy et, comme une nébulosité blanchâtre, les vieilles tours arrachées et démolies au pied desquelles j'avais dessiné deux jours auparavant.

Au premier plan, à ma droite, j'avais le réseau noir et inextricable des mâts et des cordages. La lune, qui se couchait hier une heure après le soleil, descendait lentement vers la mer ; le ciel était blanc, la terre brune, et des morceaux de lune sautaient de vague en vague comme des boules d'or dans les mains d'un jongleur.

Un quart d'heure après j'étais en route pour Abbeville." (pp. 46-50) Extraits de : BLIN, Jean-Pierre, BALANDRA, Eric. Victor Hugo. Lettres et dessins de Picardie. Amiens : Association Monuments de Picardie, 1985.

Courrier de Guerlain à la mairie du Crotoy, 08 mai 1846 (source : A.D. Somme, 99 O 1321).

Le vif intérêt que m´inspire la commune du Crotoy dont je suis heureux de faire aujourd´hui partie m´a fait naître l´idée d´y fonder sur une échelle assez considérable un établissement d´utilité publique qui devra je l´espère grandement favoriser le développement de la prospérité du pays. Désirant réaliser ce projet aussi prochainement que possible, je viens vous prier, Monsieur Le Maire, de vouloir bien avec l´adhésion du Conseil municipal, me faire la concession du terrain appartenant à la commune compris entre le chemin réservé par la commune auprès de l´établissement Fanthôme et celui aussi réservé pour la commune auprès du moulin de Mr Bos, représentant une superficie de 49 ares. Mon but étant de rattacher l´établissement que j´ai le projet de fonder à une oeuvre pieuse de grande utilité, je crois répondre au voeu du Conseil municipal et de tous les habitants du Crotoy en lui demandant expressément de consacrer la totalité du prix de cette concession de terrain aux fonds qui seront nécessaires soit pour la restauration soit pour la réédification complète de l´Eglise du Crotoy. J´aurai l´honneur de proposer plus tard à Monsieur le Maire et à son conseil un projet qui permettra j´ose l´espérer de réaliser cette oeuvre importante, sans grêver les intérêts de la commune. Dans l´espoir que ma demande obtiendra de vous et de votre conseil un accueil favorable, je vous prie, Monsieur Le Maire, de recevoir mes salutations dévouées.

Les artistes et écrivains de passage ou en séjour au Crotoy (liste non exhaustive)

- Jules Verne réside au Crotoy dans la maison La Solitude de 1865 à 1870. Sur son bateau nommé Saint-Michel, il médite Vingt mille lieux sous les mers.

- Georges Seurat vient en 1889 au Crotoy et peint deux toiles : 'Le Crotoy amont' représentant le bourg et 'Le Crotoy aval' représentant la plage.

- Henri de Toulouse-Lautrec séjourne en 1899 et 1900 chez son ami Maurice Joyant (fondateur d´un club de chasse et de pêche au Crotoy).

- Colette vient en villégiature à la villa La Belle-Plage, en 1907-1909 (citation dans les 'Vrilles de la vigne').