Peuplé dès l'époque néolithique, comme l'ensemble de la vallée de l'Aisne, le territoire de Cys-la-Commune entre dans l'histoire à la fin du 12e siècle, lorsque les villages de Cys, Presles et Saint-Mard, ainsi que les hameaux de Rhu et des Boves se réunissent en commune ; le chef-lieu est établi à Cys, et la charte communale est confirmée en 1225 par Thibaut IV, comte de Champagne, sur le modèle de celle de Meaux. Sous l'Ancien Régime, 2 moulins à blé tiraient leur énergie du ruisseau de Rhu, tandis qu'un tordoir à huile transformait les noix. La commune a été dissoute durant la Révolution, Cys et la moitié du hameau de Rhu formant dès lors une commune à part entière. Très endommagé durant les combats de la fin de l'été 1918, le village a été relevé sous l'égide de la coopérative de reconstruction de Cys et Saint-Mard (active du 20 juillet 1919 au 23 avril 1933), dont l'architecte était Mathé et l'entrepreneur, le député André Payer.