Le village de Jouaignes formait sous l'Ancien Régime 2 seigneuries, la première relevant de l'abbaye Notre-Dame de Soissons. De la fin du 16e siècle au milieu du 18e siècle, la seigneurie laïque appartient à la famille des Fossés, qui fit construire puis remanier le château. L'abbaye Saint-Yved de Braine possédait également la ferme de la Petite Cense tandis que le domaine de Virly, en écart, formait une seigneurie indépendante dont relevait la terre de Quincy. Le village a été endommagé durant la Première Guerre Mondiale, et relevé sous l'égide de la coopérative de reconstruction de Jouaignes et Quincy (active du 6 mai 1919 au 26 janvier 1933).