Coisy apparaît sous la forme Choisy dans un texte de 1156. C'était le siège d'une seigneurie dont le plus ancien titulaire connu est Arnoul de Choisy, au 12e siècle. Une autre seigneurie existait à Flesseroles, écart lui aussi mentionné dès le 12e siècle : un prieuré y avait été fondé vers 1150, qui dépendait de l'abbaye d'Anchin, puis à partir de 1562, de l'abbaye de Corbie. Mais cet écart a entièrement disparu. Quant au château de Coisy, il fut reconstruit au 17e siècle, et remanié au 19e et au 20e siècle. L'église ayant pour sa part été refaite en style néo-gothique en 1853-1854, il ne reste aucun vestige du passé médiéval de Coisy, hormis une cloche du 15e siècle. Le village remonte pour l'essentiel au 19e siècle, époque de son apogée démographique (586 habitants en 1844). Plusieurs incendies touchèrent la commune dans les années 1830, détruisant les deux tiers des habitations. Une partie de la population était alors formée d'ouvriers travaillant pour les usines textiles d'Amiens, frappés par l'exode rural à partir de la deuxième moitié du 19e siècle. En revanche, la Rue Neuve (vers Cardonnette) était habitée vers 1830 par de gros cultivateurs ayant des troupeaux importants.