L'édifice est dû à l'initiative de l'abbé Leuillieux devenu ensuite archevêque de Chambéry, et fut construit selon les plans des architectes anglais Joseph Hansom et fils. Après l'achat du terrain, les travaux débutèrent en octobre 1856. La première pierre fut posée le 29 août 1857. Les travaux furent exécutés par l'entrepreneur boulonnais Adolphe Crouy et par le charpentier-menuisier A. Lacour. L'église est bénie le 15 décembre 1859, consacrée le 4 juillet 1868 et donnée à la ville le 25 mai 1868. Après les dégâts de la Seconde Guerre mondiale, elle fut restaurée de 1951 à 1959 selon les plans de l'architecte boulonnais Yves Laloy, par l'entreprise de maçonnerie Jean Lapouille d'Hazebrouck. Les chapiteaux sculptés sont du marbrier-sculpteur boulonnais Donlinger.
Le vocable de l'église fut choisi par les paroissiens en l'honneur du curé dont le prénom était François.
Stagiaire au Service de l'Inventaire en 2025, étudiante en master de Recherches en Histoire de l'Art.