Les sources conservées aux archives départementales (série O), indiquent que l'église est réparée en 1858 (clocher) et en 1890. Graves (1851) décrit une église qui conserve des parties du 12e siècle, une chapelle sud du 15e siècle et une nef reconstruite en 1836. Selon Peigné-Delacourt (1898), l'église est "le seul monument digne d'intérêt" dans le village, "riche en antiquités romaines et gauloises". Dans cette église, on "découvre dans la partie la plus ancienne les caractères du roman secondaire, ce qui tendrait à faire croire qu'elle date du 12e siècle ; ailleurs, des chapiteaux à deux rangs de feuillages indiquent le siècle suivant. Les arceaux qui soutiennent les voûtes du chœur sont formés de trois boudins comme ceux de Bellefontaine. Les transepts et une partie de la nef sont modernes. A droite de la porte d'entrée se trouve le fameux grès, dit de Saint-Lucien, plaque de grès de deux pieds de hauteur sur laquelle se trouve une empreinte attribuée à la chaussure du premier évêque de Beauvais. Faut-il voir ici, comme on l'a souvent observé, le souvenir d'une superstition druidique, transformée plus tard, sous l'influence du christianisme, en un pieux pèlerinage ? Nous n'essayerons pas de résoudre la question". Le dossier des dommages de guerre (série R) donne une description de l´édifice en 1919 : " L´église de Caisnes charmant petit édifice en partie du 12e siècle a été très endommagé. La couverture a presque complètement disparu. Certaines parties de charpente et de maçonnerie sont détruites. En vue de sa conservation, il y aurait lieu après un déblaiement, pas important du reste, de protéger la partie haute des murs de la nef et les voûtes du chœur. La charpente actuelle peut être utilisée sans modifications et avec de simples raccords et recevra en partie une couverture en carton bitumé. Le classement de l´édifice est proposé." Les premiers devis pour la restauration sont dressés en 1921 par l'architecte Collin. Le culte est rétabli en 1923, après la pose de nouvelles vitreries. A cette date, les plafonds de la nef, des bas-côtés et de la chapelle latérale n´ont pu être remis en état. Le rapport de l´architecte signale qu´il "existait jadis un plafond général, d´une seule volée. Au cours de l´exécution des travaux, nous avons retrouvé dans les solives, un certain nombre d´anciennes solives semblant dater du 16e siècle. Ces solives devaient être apparentes [...]. Nous proposons d'utiliser les solives anciennes en bon état et de reconstituer les plafonds dans leur première disposition. Un tiers des solives peut être utilisé, le surplus est brisé et doit être remplacé". La restauration s'achève en 1932 par la maçonnerie des façades, des contreforts et de la sacristie, la réparation des couvertures des versants nord et sud de la nef et de la sacristie, enfin de la charpente de la sacristie. L'église Saint-Lucien n'est pas un édifice homogène, le chœur voûté d'une voûte à triple boudin, la nef plafonnée et la façade ouest datent du 4e quart du 12e siècle ; la chapelle sud du chœur est du 15e siècle ; la chapelle nord du 16e siècle ; les murs extérieurs des bas côtés ont été reconstruits en 1836 ; la sacristie date de 1924 ainsi que la couverture et le clocher ; des traces de peintures murales du 16e siècle apparaissent dans la chapelle nord et le bas-côté nord ; le grès Saint-Lucien, place devant le portail de l'église, porte l'empreinte du pied et du bâton du saint, il passe pour avoir des vertus miraculeuses, guérison des rhumes et maux de dents.