Sur le pignon est de l’ancien presbytère d’Arnèke, tourné vers l’église paroissiale, se trouve une pierre gravée portant la date "1772" inscrite dans un cartouche. Cette inscription constitue le plus ancien repère chronologique associé à l’édifice. Toutefois, dans la mesure où le bâtiment fait l’objet d’un rehaussement en 1857 et que cette pierre est intégrée dans la partie surélevée, elle correspond possiblement à un remploi provenant de l’ancien pignon.

À la suite de la vente des biens ecclésiastiques, la commune engage en 1807 un projet d’acquisition du presbytère afin d’y loger le desservant. Le bien appartient alors au sieur Bogaert, cultivateur. Une estimation est réalisée par le sieur Moreel de Rubrouck et par le maire d’Ochtezeele, désignés commissaires experts par le préfet. Le rapport décrit un site agréable, doté d’un vaste jardin potager, et en fixe la valeur à 3750 francs (AD Nord : 2 O 18 / 9).

Un plan dressé par Gesse Gervais en 1807 (ill.) montre une demeure de plain-pied, organisée en cinq travées avec une porte centrale desservie par un escalier. La toiture adopte une forme à pans brisés et est percée de trois lucarnes. À l’est, un décrochement correspond non à un simple appentis mais à un hangar ouvert sur la cour, destiné au stockage du bois de chauffage. Des lieux d’aisance sont implantés contre le pignon ouest. Le jardin, de grande dimension, s’étend à l’arrière de la maison dans une forme allongée, probablement structurée autrefois en parcelles potagères et verger.

En 1819-1820, la commune procède à l’achat effectif du presbytère au sieur Bogaert pour la somme de 4000 francs. Trois plans, dont des aquarelles de grande qualité (ill.) réalisées par Gesse Gervais, architecte départemental, accompagnent cette acquisition (AD Nord : 2 O 18 / 10). Le relevé de 1819 précise l’organisation du bâtiment, qui conserve ses proportions initiales. Une coupe révèle l’existence d’une cave voûtée semi-enterrée ainsi que la structure de la charpente. La description mentionne un corps de logis en brique couvert d’ardoise, avec charpente et solivage en orme. Le sol des pièces de service (cuisine, laverie, corridors) sont carrelés en terre cuite, tandis que les pièces d’habitation sont planchéiées. La cave, pavée de brique, est décrite comme vaste et voûtée, équipée pour le stockage du vin et dotée d’un puits. Les dépendances comprennent un hangar en brique à piliers, couvert de tuiles creuses, ainsi qu’un bâtiment regroupant buanderie et four, également en brique et charpente d’orme. L’ensemble est alors estimé à 4100 francs.

Entre 1857 et 1858, le presbytère fait l’objet d’une campagne de réparations et de transformations importantes, dans un contexte de dégradation du bâti. Un plan dressé le 30 septembre 1856 par l’architecte Develle, de Dunkerque, détaille les modifications à apporter (AD Nord : 2 O 18 / 20). Les travaux comprennent notamment la reprise du perron de la façade nord, la réparation des maçonneries en pied de mur, la reconstruction de la plate-bande de la porte au sud, le renouvellement des menuiseries, des escaliers (cave et grenier) ainsi que des travaux de peinture. L’intervention majeure consiste à supprimer la brisure du comble à la mansarde afin d’exhausser les murs et transformer le grenier en un véritable étage habitable. Les travaux sont réalisés par les entrepreneurs Michel et François Papegaey, charpentiers-menuisiers à Dunkerque, pour un coût de 3230 francs. Ils sont réceptionnés le 17 juin 1857. Les matériaux employés incluent notamment un seuil en pierre de Landrethun (Pas-de-Calais) et le renouvellement des châssis de fenêtres. C'est à cette occasion que le chronographe du pignon donnant sur l'église est replacé dans la nouvelle élévation.

En 1869, une nouvelle campagne concerne la clôture de la propriété. La reconstruction du mur de clôture du presbytère nécessite l’achat de 17 000 briques auprès d’un marchand d’Ochtezeele. Les travaux sont exécutés par le maçon Cappelaere (AD Nord : 2 O 18 / 21).

Le bâtiment est aujourd'hui laissé à l'usage de la paroisse.