L’église Saint-Martin d’Arnèke s’élève à l’emplacement d’un premier sanctuaire dont l’existence est attestée à la fin du XIIe siècle. Selon la tradition locale, elle est mentionnée dès 1174 comme une vaste chapelle. Au cours des XIIe et XIIIe siècles, cet édifice primitif est profondément transformé : les murs latéraux sont abattus et remplacés par de hauts piliers, traduisant une volonté d’agrandissement et de monumentalisation de l’espace intérieur.

À la fin du XVIe siècle, l’église est durement touchée par les troubles iconoclastes de la Révolte des Gueux. Pillée puis incendiée à deux reprises en 1566, elle est reconstruite dans le contexte des politiques de restauration religieuse du début du XVIIe siècle, notamment après les décrets fiscaux de 1610 destinés à financer ces travaux. La reconstruction s’échelonne entre la fin du XVIe siècle et les premières décennies du XVIIe siècle : des dates portées sur l’édifice témoignent de cette chronologie, avec 1594 sur le pignon sud, 1609 sur la nef nord, tandis que la tradition évoque un chantier engagé vers 1618 et une consécration en 1626.

L’église reconstruite appartient au type caractéristique des hallekerke de Flandre maritime : un vaste édifice à trois nefs parallèles de même hauteur terminées par des chevets à pans, précédées d’une puissante tour quadrangulaire adossée à la nef centrale. Les murs, élevés en brique rouge parfois associée à des grès ferrugineux issus des monts de Flandre, sont animés de motifs géométriques. La légèreté des voûtes lambrissées enduites permet l’ouverture de grandes fenêtres latérales, compensant l’absence d’éclairage direct de la nef centrale.

Au XIXe siècle, l’édifice fait l’objet de campagnes d’entretien régulières. Entre 1808 et 1830, d’importants travaux concernent la couverture, la maçonnerie, la charpente et les menuiseries, sous la direction de l’architecte départemental Gesse Gervais (AD Nord : 2 O 18 / 14). Un devis de 1828 souligne l’urgence des réparations liées aux infiltrations d’eau, entraînant notamment la réfection des nochères et de la charpente de la tour. En 1834, de nouveaux travaux portent sur la tour, avec le renouvellement du plancher et l’entretien des contreforts (AD Nord : 2 O 18 / 15).

L’équipement campanaire et horloger évolue également : en 1846, la cloche unique de l’église est refondue par Joseph Drouot (AD Nord : 2 O 18 / 16) ; en 1870, une nouvelle horloge est installée par Benoît Pidril, horloger à Noordpeene, puis réparée en 1887 (AD Nord : 2 O 18 / 17 et 18).

Au XXe siècle, l’église connaît une modernisation avec l’installation du chauffage central en 1936, comprenant la construction d’une cave technique et d’une cheminée extérieure (AD Nord : 2 O 18 / 19). Plus récemment, l’édifice bénéficie d’une attention renouvelée : la tour, haute d’environ 30 m et l’une des plus imposantes de la région, a fait l’objet d’un soutien de la La Sauvegarde de l’Art français en 2012 pour des travaux de restauration (charpente, couverture, maçonnerie).

Une campagne de restauration d’ampleur est engagée depuis 2024 et doit s’achever en 2026, portant notamment sur les maçonneries, les couvertures et les structures.

Ainsi, l’église Saint-Martin d’Arnèke présente une histoire longue et stratifiée, marquée par des phases de destruction, de reconstruction et d’entretien continu, qui témoignent de son rôle central dans la vie religieuse et patrimoniale de la commune.