L’histoire de l’église Saint-Denis de Noordpeene se déroule comme un long chantier où se lisent à la fois la continuité d’un lieu de culte et les ruptures imposées par le temps et les accidents. L’église est d’abord attestée en 1509 ; elle se présente alors comme une hallekerque à trois nefs de même hauteur, avec la tour-clocher placée au centre de l’édifice.

Au XVIᵉ siècle, l’édifice subit des dommages lors des troubles régionaux de 1566 (révolte des Gueux) et doit faire l’objet de réparations. Au XVIIᵉ siècle, la guerre de 1677 et les affrontements qui traversent la Flandre marquent la paroisse et l'église (les soldats hollandais prennent position d'observation sur le clocher de l'église). En 1692, un tremblement de terre frappe la région et provoque la chute du sommet de la flèche, laissant des traces structurelles profondes et réduisant l’ancienne église à un état très dégradé.

La fin du XVIIIᵉ et le début du XIXᵉ siècle voient des interventions ponctuelles destinées à entretenir la couverture et le mécanisme de la tour. En 1807, des réparations partielles de la couverture en ardoise sont exécutées sur le bas-côté nord et au sommet des contreforts (AD Nord : 2 O 437/11). Après un ouragan en 1819, la dégradation de la flèche et celle de la couverture, déjà sensibles, imposent de nouvelles réparations de maçonnerie (AD Nord : 2 O 437/13). En 1839, une campagne de travaux plus complète est engagée : adjudication et devis signalent la nécessité de renouveler la couverture d’ardoises, de reprendre la maçonnerie des soubassements et des contreforts, et de remplacer une partie du plancher de la tour, les documents d’archives relevant ces opérations (AD nord : 2 O 437/1­6). En 1845, une réparation partielle de la toiture en ardoise est encore consignée (AD Nord : 2 O 437/14).

À la fin du XIXᵉ siècle, l’état général de l’église conduit à des projets plus ambitieux. En 1880, une demande de construction d’une chapelle adossée au mur nord, accompagnée de plans et d’avis d’architectes, est instruite dans les dossiers communaux et préfectoraux ; le projet, soutenu localement, vise à consolider le mur du clocher et les contreforts, mais les archives ne permettent pas d’affirmer qu’une chapelle a effectivement été édifiée (AD Nord : 2O437/1­7).

Constatant l’insuffisance des réparations partielles, les autorités et la fabrique décident finalement, en 1894, la reconstruction quasi complète de l’église. L’adjudication des travaux et les cahiers des charges dressés par l’architecte Charles Maillard indiquent une reprise en profondeur des fondations, des murs, des charpentes, des couvertures et des aménagements intérieurs ; Le chantier est confié le 2 novembre 1894 à Fidèle Deblonde, entrepreneur à Eecke (Nord). Cette vaste entreprise de reconstruction, marquée par des contestations d’adjudication et des litiges concernant le sort des boiseries anciennes, est documentée dans les affaires du chantier (AD Nord : 2O437/1­8).

La réception définitive des travaux de reconstruction est prononcée le 14 juin 1898, la nouvelle église prenant alors l’essentiel de l’aspect néo-gothique qu’on lui connaît, tandis que la tour ancienne est conservée comme vestige de l’édifice primitif.

Au XXᵉ siècle, des opérations d’achèvement et de ravalement se succèdent pour terminer et embellir la façade et les éléments extérieurs. Les archives relatives aux travaux de 1927 attestent de plans d’élévation et de coupes de la façade principale et des délibérations municipales organisant l’achèvement des travaux et leur financement (AD Nord : 2 O 437/80).

La tour du clocher et sa flèche sont classés et protégés au titre des Monuments historiques depuis 1932.

Les dernières décennies soulignent la vulnérabilité d’un tel édifice face aux agressions du temps et du climat : infiltrations, dégâts des tempêtes et détériorations diverses exigent des campagnes de rénovation régulières. À plusieurs reprises, notamment entre 2008 et 2018, des dégradations liées aux eaux, des ruptures au palier de la cloche et l’apparition de fissures sont constatées, poussant la commune à lancer une maîtrise d’œuvre en 2019 puis à mobiliser des campagnes de dons et de mécénat en 2022 pour la restauration de la flèche et de la tour.