L’histoire connue du presbytère de Sainte-Marie-Cappel commence en 1814 avec un document intitulé "Plan, coupe, élévation du presbytère de St-Marie-Cappel, que cette commune se propose d’acheter", dressé le 25 octobre 1814 par l’architecte départemental Gesse Gervais (AD Nord : 2 O 535 / 5). Ce plan aquarellé figure l’organisation générale du presbytère et de ses dépendances, entouré d’un large fossé en eau. Le bâtiment principal est accompagné d’un grand jardin compartimenté et d’espaces de pâture. Le corps de logis présente une distribution régulière de pièces, dont les murs porteurs et cloisons apparaissent en rose. La légende numérotée identifie les différentes pièces : salle à manger, cuisine, chambres et espaces de service. L’accès, situé à l’ouest, se fait depuis le chemin communal par un ponceau qui franchit le fossé, mène à une avant-cour et se prolonge jusqu’à un portail marqué par deux piliers. À l’est s’étend un vaste jardin potager ordonné en quatre carrés réguliers structurés autour d’un axe central. Le document mentionne également plusieurs zones qualifiées de "pâtures".

En 1815, la commune procède officiellement à l’acquisition du presbytère auprès du sieur Spannent. Deux ans plus tard, une ordonnance royale, signée au nom du roi Louis XVIII, autorise le maire à acquérir pour la somme de 5250 francs, au moyen d’une imposition extraordinaire, l’ancien presbytère et ses dépendances destinés à loger le desservant (AD Nord : 2 O 535 / 5). Le presbytère apparaît par ailleurs sur les anciens cadastres de 1805 et 1833, ce qui confirme la continuité de son implantation et de son organisation parcellaire au cours du XIXᵉ siècle.

En 1882, des travaux d’aménagement intérieur sont réalisés. Une grande cuisine est divisée par une cloison afin de créer une salle à manger supplémentaire. Le pavement de cette dernière est réalisé en carreaux de ciment, et divers travaux d’adaptation accompagnent cette transformation (AD Nord : 2 O 535 / 17).

Le bâtiment subit des dommages importants durant la Première Guerre mondiale. Un rapport rédigé en 1920 par Henri Lancry, agent cantonal à Cassel et expert désigné par le maire, relate les dégâts provoqués par des jets de torpilles survenus dans la nuit du 14 mai 1918 : vitres et portes arrachées, plafond percé en seize endroits dans le grenier, toiture endommagée (AD Nord : 2 O 535 / 52). Les réparations sont effectuées la même année, pour un montant évalué à 225 francs.

Depuis lors, le fossé en eau a été comblé et le pignon nord conserve encore aujourd’hui la trace d’une importante modification de la couverture, réalisée à une date indéterminée. La toiture initialement à deux pans a été transformée en toiture à pans brisés, ce qui a permis de rehausser la hauteur sous pente et d’augmenter l’habitabilité des combles. Cette évolution visible sur la maçonnerie témoigne de l’adaptation progressive du presbytère aux besoins de ses occupants et de son usage prolongé au sein de la communauté paroissiale.