D’après la tradition historique notamment relayée par Louis Graves (1843) et Auguste Baticle (1891), un ancien prieuré dépendant de l’abbaye Notre-Dame de Breteuil se trouvait à Merle. Il aurait été fondé par l’abbé Mathieu en 1230. L’abbé y aurait construit "une belle demeure appelée longtemps logis abbatial". Le domaine aurait été détruit par les Bourguignons au XIVe siècle et lorsque Louis Graves rédige son Précis Statistique sur le canton de Breteuil en 1843, il ne mentionne que les "restes" d’une "ferme".

Dans le second quart du XIXe siècle, le domaine et ses terres appartiennent à la famille Bazin, implantée au Mesnil-Saint-Firmin. En 1828, Gabriel Bazin y fait construire quelques habitations pour les domestiques et des bâtiments pour les animaux, aujourd’hui disparus. Le recensement de population de 1831 signale que son "homme de confiance", Casimir Lesage y réside. Il a alors certainement la gestion de la ferme.

En 1837, Gabriel Bazin décide de fonder une ferme-école destinée aux orphelins, rattachée à la colonie agricole qu’il a déjà créée au Mesnil-Saint-Firmin (Oise). Toutes les constructions de l’ancien prieuré qui restaient en place sont détruits et de nouveaux bâtiments sont édifiés en plusieurs campagnes à partir des années 1840, suivant les plans de l’architecte parisien Léon Labrousse (1801-1875). Le site s’organise autour de plusieurs cours : les dortoirs, les salles de classe, le réfectoire et la chapelle sont implantés dans la cour nord ; la ferme et ses bâtiments agricoles sont établis dans la cour sud. La chapelle est construite en 1865. La ferme-école est confiée dans un premier temps aux Frères Agronomes de Saint-Vincent-de-Paul puis en 1853 à une congrégation de marianistes. D’après le recensement de population de 1861, l’établissement compte 60 individus à cette date : 41 orphelins de 11 à 19 ans et 13 religieux de 29 à 55 ans.

Selon les recherches de Christian Tauziède et Roger Puff (2024), la Société des Agriculteurs attribue à la ferme-école de Merle un prix de 200 francs en 1894 et rappelle qu’un diplôme d’honneur lui a été attribué en 1889, confirmant sa place comme acteur du progrès agricole dans l’Oise. Le domaine a été amélioré, les terres humides drainées, l’assolement adapté, des prairies artificielles créées. L’orphelinat accueille alors les enfants abandonnés de 11 à 16 ans. Jusqu’à 13 ans, ils vont en classe et en dehors des cours, ils réalisent toutes sortes de travaux agricoles.

Dans le dernier quart du XIXe siècle, les frères aménagent un cimetière à l’ouest de la cour nord. Jusqu’en 1903, il a accueilli les corps des marianistes qui géraient l’établissement, ainsi que d’autres religieux de la congrégation, décédés non pas à Merle mais à Paris. Clos de murs, il est aujourd’hui à l’abandon mais la chapelle funéraire et sa crypte sont toujours en place.

Dans la première moitié du XXe siècle, de nouveaux bâtiments sont construits dans le prolongement de la chapelle (salles de classe, habitations) puis de l’autre côté de la route (bâtiment administratif et salle de classes, ateliers, porcherie). En exécution de la loi du 1er juillet 1903 sur les congrégations, les frères marianistes n’ont plus l’autorisation de gérer l’établissement et doivent le quitter. Il est alors transféré au Conseil Général de l’Oise qui entreprend de nombreux travaux de remise en état. L’établissement ouvre en 1905 et accueille des pupilles de l’Assistance publique de l’Oise dont plusieurs étaient dans un établissement à Lens (Pas-de-Calais) et travaillaient dans les mines de charbon en raison du manque de place dans les orphelinats du département. La catastrophe minière de Courrières (1906) a ainsi tué plusieurs enfants originaires de l’Oise.  

En 1914, les Allemands occupent le site qui poursuit toutefois son activité normalement jusqu’au 27 mars 1918, date à laquelle la ferme-école est évacuée. Au sortir de la guerre, une plaque commémorative liste les noms des pupilles "morts pour la France".

En 1925, le cimetière marianiste est vendu pour un franc symbolique à l’association des anciens élèves du collège Stanislas à Paris. Elle engage des travaux de remise en état et de restauration de la chapelle funéraire.

En mai 1940, la ferme-école est de nouveau évacuée, les pupilles quittent les lieux en laissant le bétail sur place. Elle reprend son fonctionnement normal sous l’Occupation. À la Libération, le site compte 120 élèves mais ils ne sont plus que 58 en 1953.

Devenu en 1963 un Centre de Formation Professionnelle Agricole (CFPA), le site s’ouvre à d’autres enfants et le nombre de pupilles diminue jusqu’à ce que l’établissement n’en accueille plus à partir de 1979.

En raison de sa mauvaise situation financière, le site ferme en 2009. Un projet de Centre Européen de recherches sur les Technologies de l’Environnement et de la Sécurité (CERTES) est d’abord envisagé avant d’être abandonné. La SAFER préempte le domaine et l’achète. Il est ensuite divisé en plusieurs lots. L’association Terre de Liens achète le corps de ferme et un paysan-boulanger s’y installe tandis qu’une SCI constituée d’agriculteurs achète les terres et le cimetière marianiste à l’association des anciens élèves de Stanislas. Plusieurs projets ont été envisagés pour réhabiliter les anciens dortoirs, situés dans la cour nord, mais sans succès. La SCI a vendu une partie du site à un promoteur immobilier en 2022 mais aucun projet n’a vu le jour pour l’instant.