La création d'un cimetière à Bacouël est décidée par un arrêté de 1863. Il doit être établi au lieu-dit "Sous la Chapelle" après l'achat par la commune de Chepoix (dont dépendait alors Bacouël) de plusieurs parcelles aux époux Blangy et à M. Sénéchal. La vente est effective en 1866 et l'année suivante, Édouard Dauzet, maçon à Bacouël est chargé de construire le mur de clôture.

En 1873, alors que Bacouël est devenue une commune indépendante, un nouveau règlement et des tarifs sont votés pour remplacer ceux qui avaient été établis par la commune de Chepoix.

Les archives de l'Association pour la Connaissance et la Conservation des Croix et Calvaires du Beauvaisis documentent l'histoire de la croix du cimetière. Aujourd'hui, il n'en reste plus que le piédestal, qui provenait d'une croix de station antérieure à la Révolution située dans le cimetière de Chepoix. Cette croix a, dans un premier temps, été installée près de la chapelle avant d'être déplacée près du chevet en 1850. Elle a enfin rejoint son emplacement au cœur du cimetière dans les années 1860.

Les monuments funéraires les plus anciens aujourd'hui conservés dans le cimetière sont réalisés à la limite des XIXe et XXe siècles. Les signatures de marbriers relevées sont celles de Théophile Guilbert à Tartigny (3 tombeaux dont deux en forme de chapelle), H. Lefranc (2) et Abel Bertin à Breteuil (1).

Le cimetière a été agrandi au nord à la fin des années 2010.