L’enquête de l’évêque Henriau sur l’état des paroisses en 1725 atteste de l’existence d’un presbytère à Fléchin. Elle indique qu’il est dans un état passable et qu’il y manque une chambre.

Le presbytère de Fléchin figure sur le cadastre de 1830. D’après le registre historique de la paroisse de Fléchin, le presbytère, situé dans une cour entourée d’arbres, était en rez-de-chaussée, couvert en chaume et construit en pierres blanches calcinées par un incendie remontant à 1760. Le presbytère est entièrement rénové en 1840 : un étage en brique est ajouté et le toit couvert en matériau « dur ». Les années suivantes, une arrière-cuisine est ajoutée sur l’élévation nord-ouest, et en 1857 un bûcher est construit le long de la cour de l’ancienne école privée de filles.

En 1905, un puits est percé dans la cour du presbytère : Fléchin ne disposant pas de puits communal, son curé était jusqu'alors dépendant de ses voisins pour s’approvisionner en eau.

Le presbytère est partiellement reconstruit en 1951, l'abbé Martel étant alors curé de Fléchin (registre historique de la paroisse) : l'élévation sud est reconstruite en brique tandis que l'élévation nord en calcaire, visible sur une carte postale de la première moitié du XXe siècle, est conservée. D’après les habitants de Fléchin, les travaux ont été réalisés par un neveu de l’abbé. Pour financer une partie des travaux, l’abbé Martel organise une kermesse à Cuhem dans la cour de l’ancienne brasserie.

La niche située au-dessus de la porte donnant accès au jardin côté nord abritait une statue de Notre-Dame de Boulogne qui fait l’objet de nombreuses processions dans toute la région dans les années 1950 .