L'orgue a été installé par la société rémoise Merklin-Schutze, entre 1880 et 1890 ; à cette occasion, fut également construite la tribune d'orgues en chêne, dans le même style néo-gothique que le buffet d'orgue. Cet orgue remplace l'ancien instrument exécuté par le facteur d'orgues Ricart, chanoine de l'abbaye de Prémontré. Il y avait travaillé de 1700 à 1702, pour un montant de 2 000 livres. Ce précédent orgue, dont on ne dispose d'aucune iconographie permettant de le restituer, semble avoir disparu dès la Révolution. Endommagé lors de la Première Guerre mondiale, l'orgue de Merklin-Schutze a été restauré dans les années 1960 par le facteur d'orgues parisien Paul-Marie Koenig. Il a été de nouveau restauré en 1992 par un facteur d'orgues strasbourgeois.