Le tableau a été commandé le 10 février 1849 par Charles Blanc, directeur des Beaux-Arts, pour la somme de 1500 francs. Le peintre en a fixé lui-même le sujet quelques jours après. Une esquisse de la composition est conservée au musée d'Orsay, à Paris (RF 1994-18). La toile définitive est achevée en mai 1852. Au même moment, J. Liance, pharmacien à Paris et maire du village de Lesges entièrement acquis au nouveau régime de Louis-Napoléon Bonaparte, réclame l'attribution d'un "Saint-Sébastien" à son église où une chapelle est consacrée au saint. Le tableau est donc attribué par arrêté du 22 juin 1852 à l'église de Lesges où il est accroché au-dessus du portail d'entrée, au revers de la façade occidentale de l'église. L’œuvre a été restaurée en 1979 par Oreste S. Binennbaum, peintre et restaurateur à Fontainebleau. Ce dernier a également réalisé une copie de mêmes dimensions destinée à remplacer dans l'église l'original, déposé en 1980 au musée de Soissons par convention entre le Conseil général de l'Aisne et les communes de Lesges et de Soissons. Il s'agit d'un des rares sujets religieux traités par le peintre, qui lui permet de représenter un corps supplicié dans un paysage de ténèbres. La composition combine le thème de la sagittation du saint et celui d'Irène venant le soigner. Le réalisme du traitement l'oppose à l'académisme des peintres baroques italiens ou symbolistes français qui ont souvent représenté ce sujet. Le tableau a été présenté seul à l'exposition "Daumier" (Marseille, musée des Beaux-Arts, 1979, cat. 42), et avec son esquisse à l'exposition "Daumier 1808-1879" (Paris, Grand Palais, 1999, cat. 133 et 134).