L'évolution de l'ameublement et du décor de l'église de Cys-la-Commune n'est pas connue, mais des photographies du début du 20e siècle révèlent un riche décor du 18e siècle (lambris de chœur, maître-autel et retable, lutrin, bancs) qui n'a pas survécu à la Première Guerre Mondiale durant laquelle l'église a été très endommagée. Elle a été très modestement remeublée. L'autel secondaire, consacré à saint Ouen dont l'église conservait des reliques, a été remplacé par un nouvel autel dédié à Notre-Dame-de-Liesse, offert en 1954 en remerciement d'un vœu exaucé. Un autel conforme à la nouvelle liturgie a été placé dans le chœur après le concile de Vatican II.