Le mobilier en place dans l'église Saint-Chrysole a été conçu par Dom Bellot (1876-1944), qui a réalisé également la conception architecturale de l'édifice et a fait appel à des artistes de renom de la période d'entre-deux-guerres.

L'ensemble mobilier s'inscrit donc dans une grande cohérence stylistique avec l'édifice et constitue un ensemble Art déco unique, bien que la plupart des éléments aient été mis en place après l'inauguration de 1929. Par ailleurs, plusieurs éléments de mobilier funéraire, mis au jour lors des travaux de terrassement engagés en 1925 pour la construction du nouvel édifice, sont présentés dans la galerie reliant le narthex au clocher ou conservés ailleurs pour des raisons de sécurité. Parmi les éléments mobiliers provenant de l'ancienne église figurent ainsi les tombeaux de Jean Ier de la Clyte, seigneur de Comines de 1404 à 1443, chevalier de la Toison d’or et souverain bailli de Flandres, de son épouse Jeanne de Ghistelle, du cœur de Charles de Croÿ (1560-1612), le gisant de Jean II de Comines, décédé en 1475, ainsi que la plaque épitaphe du grammairien J Despautère, décédé en 1520.

Après l'inauguration de la nouvelle église en 1929, plusieurs pièces de mobilier importantes sont encore réalisées. C'est le cas du maître-autel de marbre blanc, installé dans le chœur en 1930, orné d'une mosaïque en devant d'autel réalisé par Jean Gaudin (1879-1954). C'est également le cas de la chaire à prêcher qui est dessinée en 1931 par le frère François Maes, élève de Dom Bellot, et qui avait été détruite dans les années 1960 afin de laisser la place à la construction d'un autel plus proche des fidèles. Cette chaire, connue par les dessins de François Maes et par quelques photographies, a été reconstituée dans le cadre des travaux de restauration. Quant aux verrières, elles sont réalisées entre 1935 et 1938 par l'atelier des maîtres verriers lillois Edgar Boutin et Dessouter. Celles de la chapelle des fonts baptismaux, qui déclinent le thème du baptême, sont réalisées en 1936 à partir de dessins du peintre Charles Hollart, qui, à partir de la même année, devient conservateur du musée des Beaux-Arts d'Arras. L'ensemble des verrières a été restauré par les ateliers Brouart de Ronchin (Nord), dirigées par Luc-Benoit Brouart.

Enfin, l'ensemble intérieur peint en 1933 par Arthur Abeele selon les indications chromatiques de Dom Bellot, a retrouvé son éclat lors de la restauration de 2015.