Fondé par l'abbaye augustinienne de Ham sous l'Ancien Régime, le moulin à farine est attesté à la fin du 18e siècle, notamment par les plans détaillés qui sont dressés en 1779. A la Révolution, comme les biens de l'abbaye sont dispersés, le moulin est racheté par la ville de Ham. Il prend alors l'appellation commune de Moulins Supérieurs de la ville de Ham et figure sur le plan cadastral napoléonien de 1826. En 1847, il est racheté par M. Damay, meunier qui dans les années suivantes procède à deux agrandissements successifs. En 1905, l'établissement prend la raison sociale Filou-Damay. Située près d'un des ponts de la Somme, la minoterie est en grande partie détruite par les Allemands qui, en se repliant, dynamitent le pont, le 19 mars 1917.

Si l'édifice semble être en cours de reconstruction en 1924, comme l'indique une photo prise à cette date, où le nouvel édifice est entouré d'échafaudages, il n'est mis en service qu'en 1930. Les travaux sont placés sous la responsabilité de l'architecte David, dont l'agence était établie à Ressons-sur-Matz (Oise). L'ensemble des machines est fourni par Teisset Rose & Brault.

Lors de la reprise d'activité, la minoterie Filou se heurte à la concurrence directe des Grands Moulins de la Somme, construits en 1925, sur le territoire de Muille-Villette, le long de la ligne de chemin de fer et face à la gare de Ham.

A la suite d'un incendie survenu le 9 juillet 1959, le moulin cesse son activité. Abandonné, il finit par être démoli en 2003. A la place, la municipalité de Ham y aménage un square inauguré le 18 mars 2007.