Par leur forme et leur iconographie inscrite dans un décor architectural, les verrières forment des vitraux tableaux dans lesquels les scènes sont nettement superposées ou juxtaposées.
Les verrières des trois baies du chœur représentent chacune deux scènes de la vie des saints patrons des fondateurs de l'église de Beauval : saint Charles Borromée, évêque de Milan (baie 0 : saint Charles donnant l'extrême onction à son oncle, le pape Pie IV en 1565 ; saint Charles prêchant contre la peste de milan en 1576) ; saint Jean-Baptiste (baie 1 : prédication de saint Jean-Baptiste ; saint Jean-Baptiste devant Hérode Antipas) ; saint Jules, pape de 336 et 352 (baie 2 : saint Jules préside le concile de Rome en 340 ; saint Jules reçoit saint Athanase de retour d'exil). Dans chacune de ces trois baies, la rose de réseau présente un ange tenant un phylactère avec le nom du saint représenté.
Les verrières des baies 3 et 4 (chœur), 5 et 6 (chapelles latérales) sont des lancettes ou des roses avec réseau décoratif.
Les verrières des baies 7 et 8 (chapelles du Sacré-Cœur de la Vierge) illustrent chacune une apparition liée au vocable : Apparition du Christ du Sacré-Chœur à Marguerite-Marie Alacoque (baie 7) ; Apparition de la Vierge à saint Dominique (baie 8).
Les grandes verrières des deux baies du transept représentent des grandes scènes bibliques : la Multiplication des pains ; la Cène (baie 9) et : la Pentecôte ; l'Église triomphante (baie 10)
Les verrières du bas-côté nord ont trait à l'Ancien Testament : Élie ressuscitant le fils de la veuve de Sarepta (baie 11) ; la Manne (baie 13) ; la Pâque juive avant l'exode (baie 15) ; Abraham et Melchisédech (baie 17) ; Adam et Ève (baie 19).
Les verrières du bas-côté sud ont trait au Nouveau Testament : le Calvaire (baie 12) ; Jésus guérissant (baie 14) ; la Sainte Famille (baie 16) ; la Nativité (baie 18) ; l'Arbre de Jessé (baie 20).
Aux deux entrées de l'église sont placées une verrière figurant le saint patron de l'église : saint Nicolas calmant la tempête (baie 21) et le Baptême du Christ (baie 22, face à la chapelle des fonts baptismaux).
