Les fonts baptismaux qui sont utilisés aujourd'hui dans la basilique proviennent de l'ancienne église paroissiale Saint-Jacques. Une inscription latine gravée sur le pied précise que "cette pierre" a été érigée en 1761 par le chanoine Quentin-Melchior Crommelin, qui avait été baptisé en ce lieu. Or, Quentin-Melchior Crommelin est né et a été baptisé le 26 mars 1713, dans la paroisse Saint-Jacques, comme en témoignent les registres paroissiaux de cette église-là. Toutefois, il ne faut attribuer à la générosité du chanoine Crommelin que le remplacement du pied. La cuve est plus ancienne, précisément de 1633, date gravée dans une moulure extérieure. Il est donc permis de penser que ces fonts, créés en 1633 pour l'église Saint-Jacques, ont probablement subi quelques dommages lors de l'effondrement de la nef de cette église, dans le deuxième quart du 18e siècle. Le chanoine Crommelin, par respect pour le lieu de son baptême, a financé en 1761 la taille d'un nouveau pied adapté à la cuve. Néanmoins, rien ne permet de dire si l'objet restauré a rejoint son église d'origine ou a été installé dans l'ancienne collégiale. Jusqu'à la fin du 17e siècle au moins, la collégiale disposait de fonts baptismaux d'époque médiévale (11e ou 12e siècle). Ils étaient en plomb massif et étaient constitués d'une cuve en forme de quatre cercles joints, ornée à l'extérieur de figures sculptées en ronde-bosse et soutenue par un support central et quatre supports angulaires. Ces fonts sont épargnés par le terrible incendie de 1669. Mais ensuite, aucun auteur consulté ne précise s'ils ont été remplacés à l'occasion de la modernisation du décor au 18e siècle, ou s'ils n'ont disparu qu'au moment de la Révolution. Quoi qu'il en soit, un inventaire de la collégiale en 1792 mentionne à cette date la présence de fonts de marbre, avec un couvercle de cuivre, dans la chapelle du Sépulcre. La chapelle du Sépulcre sert de chapelle des fonts pendant la presque totalité du 19e siècle, abritant à cette époque les anciens fonts de Saint-Jacques. Selon Oudart, secrétaire de l'église, c'est en février 1892, à l'occasion de la restauration de la chapelle du Sépulcre, qu'ils gagnent leur emplacement actuel, à l'extrémité occidentale du collatéral sud de la nef. Ces fonts ont reçu un nouveau couvercle après la Première Guerre mondiale.