La période à laquelle des groupes humains se sont installés sur l’actuel territoire de Puiseux-en-Retz n’est pas connue, quoique la découverte de substructions et de mobilier gallo-romains à différents emplacements parle en faveur d’une occupation du site depuis l’Antiquité. En revanche, la formation de la paroisse est plus aisée à cerner, grâce à plusieurs pièces d’archives. Vers 1100, il n’existe encore qu’une seule paroisse réunissant Soucy et Puiseux, paroisse dont " l’autel " est alors donné à l'abbaye Saint-Jean-des-Vignes de Soissons par l'évêque Hugues de Pierrefonds (1093-1103). Les " autels " de Soucy et de Puiseux sont clairement identifiés une décennie plus tard, révélant que la différenciation des paroisses - et donc de leurs territoires - s’est effectuée au commencement du 12e siècle (d’après l’étude de Ghislain Brunel). La cure de Puiseux, qui relève néanmoins de celle de Soucy, va être desservie jusqu’à la Révolution par un chanoine joanniste, vicaire qui touche une pension du " prieur-curé de Soucy et de Puiseux ". Vers la fin de l’Ancien Régime, au moins, ce vicaire loge dans le presbytère voisin de l'église.

Pendant tout l’Ancien Régime, cette paroisse du diocèse de Soissons appartient au doyenné de Vivières, membre du Grand archidiaconé, et constitue l’annexe ou la succursale de Soucy. Les remaniements consécutifs à la Révolution font de Puiseux, au 19e siècle, un élément du doyenné de Villers-Cotterêts. Poursuivant les précédentes habitudes, le curé nommé au début du 19e siècle à Soucy dessert aussi Puiseux. Mais vers 1825, s’opère un changement, qui fait de Puiseux une succursale du doyenné, avec Montgobert pour annexe. Cette succursale étant devenue vacante, la paroisse est desservie par Vivières dès la fin du 19e siècle. Enfin, le regroupement paroissial de la fin du 20e siècle a fait de Puiseux une composante de la paroisse Saint-Nicolas-du-Pays-de-Retz, elle-même membre d’un doyenné de Villers-Cotterêts étendu.

Jusqu’à la Révolution, ce village du Valois était situé dans l’étendue de la châtellenie de Pierrefonds. Il fait aujourd'hui partie de l'arrondissement de Soissons et du canton de Villers-Cotterêts. Bien que Maximilien Melleville avance quelques noms de seigneurs fonciers dès le milieu du 12e siècle, il faut, en l’état actuel des connaissances, attendre la fin du 16e siècle pour pouvoir commencer à en dresser la liste ininterrompue. Le plus ancien seigneur connu est Jean Féret, sieur de Montlaurent, marié à Crespine de Jouennes et décédé vers 1580. Leur fille, Madeleine Féret, épouse Zacharie de Vassan en 1592, apportant ainsi la seigneurie foncière de Puiseux à cette famille, aux mains de laquelle elle va rester jusqu’à la Révolution. En 1600, des terres de Puiseux – ou une seigneurie –, qui appartenaient à l’abbé de Saint-Médard-lès-Soissons sont adjugées au profit de Zacharie de Vassan, qui semble être ainsi devenu le plus grand propriétaire foncier de la paroisse. Toutefois, la suzeraineté est conservée par l’abbé de Saint-Médard. Elle lui appartenait sans doute depuis le Moyen Âge, comme le laisse entendre la charte de juin 1238, par laquelle Jean, abbé de Saint-Jean-des-Vignes, et Réginald, abbé de Saint-Médard, fixent leurs droits domaniaux et seigneuriaux à Soucy et Puiseux.

Louis-Zacharie de Vassan, dernier seigneur avant la Révolution française, émigre en janvier 1791 et ses biens confisqués sont vendus au profit de la Nation. Le château, ses communs, sa ferme, ainsi que le moulin, la tuilerie, des maisons et des terres quittent ainsi définitivement leur noble détenteur, qui mourra en Pologne à Wroclaw (Breslau) en 1812.

Le village évolue lentement tout au long du 19e siècle, les édiles utilisant au mieux ses modestes ressources pour entretenir et rénover le patrimoine communal. Puiseux se dote en 1833 d’un nouveau cimetière, implanté à la périphérie de l’agglomération, puis en 1880 d’une mairie-école et d’un logement d’instituteur, installés dans d’anciens communs du château. La rareté et la minceur des dossiers de dommages de guerre conservés aux archives départementales ne permettent pas de connaître avec précision l’étendue des dégâts provoqués par le premier conflit mondial à Puiseux. Néanmoins, la citation à l’ordre de l’armée qui accompagne l’attribution de la croix de guerre à la commune, par arrêté du 23 août 1923, mentionne les fréquents bombardements endurés et les ruines qui en ont été la conséquence. Les bombardements inhérents à la Seconde Guerre mondiale ont heureusement provoqué moins de destructions.

Le changement de nom de la commune, passé de Puiseux à Puiseux-en-Retz - modification destinée à éviter toute confusion avec d’autres communes au nom presque identique -, a été autorisé par un décret du président du Conseil des ministres, Paul Ramadier, daté du 13 mai 1947.