Du point de vue géologique, Flines fait partie du bassin éocène d'Orchies où se rencontrent des formations de landénien (sables d'Ostricourt) et d'yprésien (argile d'Orchies) masquées par des formations sableuses (au nord, le bois de Flines) et des alluvions modernes (au sud, la vallée de la Scarpe). Les carrières d'argile et le sable ont été exploités dès l'époque romaine et le sont encore actuellement.

La commune actuelle de Flines-lez-Raches se situe sur le territoire antique des Atrébates, à la frontière avec celui des Ménapiens. La limite entre ces deux territoires, pérennisée jusqu´à l´époque moderne par la limite des diocèses d´Arras et de Tournai, est matérialisée par le courant de Coutiches qui coule de Faumont à Marchiennes en traversant la commune de Coutiches, juste au nord de Flines. Un affluent aujourd´hui bien modeste porte d´ailleurs le nom de "Guérondelle ", très probablement dérivé du celtique "equoranda", toponyme bien connu en Gaule et systématiquement associé à des limites de cités. La "Mer de Flines" (fig. 1 et 2) est une étendue d'eau de trois hectares, d'environ 600m de périmètre, alimentée par des sources ; le trop-plein est évacué par le Manchon jusqu'au Décours, à l'entrée de Marchiennes. Le géologue Alain Villain pose l'hypothèse d'une origine météoritique à la formation de cet étang. Aujourd'hui, la commune de Flines-lez-Raches est très étendue ; le bâti concentré le long des voies qui relient l'église paroissiale et la mairie (fig. 3 et 4) est situé entre le bois au nord, le long du boulevard des Alliés, qui relie Orchies à Douai, et le courant du Noîrot, au sud. L'abbaye et la Mer de Flines, situées au sud-ouest, étaient les centres économiques de la commune jusqu'à la Révolution ; les vestiges d'une forge, d'une bergerie (rue du Cornet Sabine) (fig. 5) et d'une ferme (64, rue du Moulin, datée 1776) (fig.6) qui aurait été la maison d'un meunier de l'abbaye en témoignent. Autour de l'église s'organisait certainement aussi un noyau de bâti (fig. 7), comme en témoigne l'auberge datée 1692 (fig.8). Après la Révolution, le noyau économique s'est déplacé vers l'actuel centre, autour de l'église et la voie de chemin de fer et de la gare construite en 1880.