A partir de 1185-1190, Agnès II de Braine, épouse de Robert de France, comte de Dreux, fait reconstruire l'église abbatiale qui est achevée probablement en 1208 et consacrée le 31 août 1216 sous le double vocable de la Vierge et de saint Yved. Le patronage princier explique la rapidité du chantier et la grande homogénéité du monument conçu comme une église abbatiale, une nécropole princière et un sanctuaire de dévotion lié à la présence de reliques. L'implantation de chapelles à 45 degrés entre les bras du transept et le chœur, parti que l'on trouve déjà en l'église abbatiale bénédictine de Saint-Vincent de Laon et en l'église de Mons-en-Laonnois, sera reprise peu après à l'église abbatiale bénédictine de Saint-Michel puis à la chapelle du palais ducal de Dijon. Au début du 16e siècle, la tour-lanterne est surmontée d'une flèche de pierre, détruite par la foudre en 1628 et remplacée peu après par un dôme de pierre polygonal surmonté d'une flèche charpentée. L'église est dévastée durant les guerres de Religion, puis l'occupation des armées impériales en 1650 qui ruine plusieurs tombeaux seigneuriaux. Transformée en église paroissiale en 1791, l'église est vidée de son mobilier en 1792 et 1793. Les statues et les tombeaux sont détruits, ainsi que le jubé de pierre du 16e siècle. En avril 1794, l'église sert d'écurie pour un régiment de chasseurs logé dans le château. Une partie des voûtes de la nef de l'église s'effondre en 1808 et l'édifice est à nouveau pillé par les armées alliées en 1814. Les verrières médiévales sont dispersées et une partie est cédée pour la cathédrale de Soissons en 1816. Menaçant ruine, le couronnement de la tour-lanterne est détruit en 1819. En 1824, le nouveau doyen de la paroisse, l'abbé Pierre-Nicolas Beaucamp, sollicite le rétablissement de l'église abritant les dépouilles princières qu'il fait exhumer. Aussi en 1828 est entreprise la restauration de l'"église royale de Saint-Yved", interrompue par la révolution de 1830 qui rend utopique un plan de restitution intégrale. Les travaux sont repris en 1832 sous la conduite d'Antoine-Emile Gencourt, architecte de l'arrondissement de Soissons, qui fait supprimer le massif occidental et les quatre premières travées de la nef. L'église, redevenue paroissiale, est rendue au culte le 18 juillet 1837 sous le vocable de la Vierge et figure sur la première liste d'édifices classés au titre des Monuments historiques en 1840. Maurice Ouradou construit en 1877 le nouveau couronnement de la tour-lanterne, qui sera anéanti par un incendie le 28 août 1944.