On connait peu l'évolution de l'ameublement et du décor de l'ancienne église abbatiale Saint-Yved, qui ont probablement été enrichis et renouvelés au 18e siècle. Le vandalisme révolutionnaire a provoqué la destruction ou la dispersion des tombeaux médiévaux des comtes de Braine, inhumés dans la chapelle Saint-Denis, ainsi que du jubé de pierre commandé par l'abbé Michel Coupson entre 1531 et 1540. Des vestiges des verrières médiévales sont dispersés peu après et une partie est cédée pour la cathédrale de Soissons en 1816. Lors de la réouverture de l'église au culte en 1837, le mobilier de l'ancienne église paroissiale Notre-Dame y est déplacé (notamment le maître-autel, deux autels secondaires, quatre crédences, une clôture de chœur, les fonts baptismaux, la chaire à prêcher et l'autel de saint Sébastien). Les aménagements vont se succéder tout au long du 19e siècle (autels secondaires de la Vierge et de saint Yved, fonts baptismaux, stalles, chemin de croix, orgue et buffet d'orgue). Les autels des deux chapelles biaises nord sont alors dédiés à la Vierge et au Saint-Sacrement (aujourd'hui chapelle des fonts baptismaux), ceux des chapelles biaises sud au Sacré-cœur (anciennement à saint Nicolas, puis à saint Sébastien) et à saint Yved (anciennement à saint Denis). Des verrières archéologiques (verrières à personnages et verrières à médaillons) sont réalisées dans le 3e quart du 19e siècle probablement par Louis-Charles Auguste. Après les dommages de la Première Guerre mondiale, la parure vitrée de l'église est reconstituée, tandis qu'une partie du mobilier endommagé ou détruit est remplacé sur les dessins des architectes chargés de la restauration, Lucien Sallez et Robert Chaleil (chaire à prêcher, autel du Sacré-cœur). En 1939, le sculpteur Ernest Sédiey, qui participe au chantier de reconstruction de l'église voisine de Mont-Notre-Dame, reconstitue la 9e station détruite du chemin de croix et livre deux bénitiers, ainsi qu'une statue de Vierge de Pitié en 1942. Trois cloches, fondues à partir des débris des cinq cloches détruites lors de l'incendie du clocher en 1944, ont été réalisées par Joseph Granier et consacrées en 1963. Un autel conforme à la nouvelle liturgie a été placé dans la partie antérieure du chœur après le concile de Vatican II. La reconstitution en 1970 du portail central de l'ancienne abbatiale au revers de la façade occidentale moderne a entraîné la dépose de l'orgue et de son buffet.