En 1810, le moulin Brunet est l'un des trois moulins à blé établis sur la commune de Cramoisy. Il est déclaré comme "existant depuis des temps immémoriaux". Au 18e siècle, il semble en effet être l'un des moulins dépendants de la baronnie de Mello, connu sous le nom de moulin du Colombier. En 1859, le moulin Brunet devient partiellement la propriété de M. Pommery, fabricant d'étoffes à Mouy. Il ne semble toutefois pas que l'usine soit convertie en tissage ou filature. A la fin du 19e siècle, l'ancien moulin à blé est transformé en une importante minoterie. A l'édifice construit en pierre de taille et comportant un étage, est rajouté deux niveaux supplémentaires en brique avec structure de bois apparente. Cette nouvelle minoterie est connue sous la raison sociale Brunet-Berson. En 1931, les bâtiments sont victimes d´un incendie particulièrement destructeur. L'édifice, devenu la propriété de M. Roulon en 1933, est reconstruit vers 1940 sur les mêmes fondations. Toutefois l´ancienne couverture à longs pans sera remplacée par un toit en terrasse. La nouvelle minoterie, équipée également d´un nouveau matériel, fonctionne jusque dans les années 1954. Une partie des bâtiments industriels est abandonnée, tandis qu'une autre est convertie en logement. La roue hydraulique, qui existait encore dans l´usine a été cédée à la ville de Mouy en 1989, qui l´a installée à l´emplacement de l´ancienne tannerie Lannier & Basset.

Le régime des eaux du moulin Brunet est réglementé par ordonnance royale du 21 février 1845. Le système hydraulique comportait six vannes de décharge, un déversoir et une vanne mouloire.