La fondation de l'abbaye et de l'église par la reine Adélaïde remonte à 1152. La construction de la salle capitulaire s'effectue de 1160 à 1170. De 1220 à 1225, l'on édifie l'église abbatiale. En 1273, le beffroi du clocher est construit puis détruit. Les reliques de sainte Euphrosine et de la Vraie Croix seraient arrivées à l'abbaye entre 1152 et 1190. En 1630, les religieuses quittent l'abbaye et les chanoines de Saint-Augustin s'y installent. L'année 1634, marque l'établissement de l'abbaye en prieuré. En 1761, les chanoines quittent le prieuré et l'église devient paroissiale. Les bâtiments sont vendus entre 1791 et 1793. Au 19e siècle, l'église très endommagée est restaurée.

Fondation de l’abbaye au XIIe siècle et construction de l’église abbatiale au XIIIe siècle

En 1152, la reine Adélaïde de Savoie (1100-1154) fonde l’abbaye de bénédictines dédiée à Notre-Dame et Saint-Jean-Baptiste. Les religieuses étaient auparavant réunies au lieu-dit Sainte-Perrine.

Sous l’abbatiat de la première abbesse Rosceline (ou Roscella), entre 1152 et 1190, les reliques de sainte Euphrosine (destinée à l’origine à l’église de Reims) arrivent à l’abbaye et favorisent l’installation d’un pèlerinage.

La salle capitulaire est construite entre 1160 et 1170. L’église abbatiale est édifiée entre 1220 et 1225. L’historien et archéologue Eugène Lefèvre-Pontalis (1862-1923) estime que l’église a été bâtie en deux campagnes : le chœur et le transept avec leurs voûtes sexpartites puis la nef avec ses voûtes quadripartites (cité par Brassart). Bideault et Lautier pensent au contraire que l’église a été construite dans les années 1230 en une seule phase estimant que "la conjugaison des voûtes quadripartites et sexpartites ne doit pas être interprétée comme l’indication de deux campagnes de construction distinctes" (Bideault et Lautier, 1987).

La verrière de La Passion du Christ (baie axiale) et les quatre grisailles des murs sud et nord du chœur datent du XIIe siècle.

En 1273, le beffroi du clocher est construit (il est détruit vraisemblablement entre la fin du XVIIIe siècle et le milieu du XIXe siècle).

À la fin du XIIIe siècle, un tombeau à enfeu est aménagé contre le pignon nord du transept. Il s’agit vraisemblablement de la sépulture d’Agathe de Pierrefonds, épouse de Conon de Nesle seigneur de Pierrefonds, décédée à la fin du XIIe siècle : elle a fait de nombreuses donations à l’abbaye et y aurait passé les dernières années de sa vie d’après l'obituaire de l’abbaye. Le cadavre d’une femme adulte découvert dans la tombe en 1817 confirmerait l’identité de la défunte.

Des bâtiments qui se dégradent aux XVIIe et XVIIIe siècles

En 1634, les religieuses quittent l'abbaye (elles s’installent à l’abbaye de Royalieu et y rapportent les reliques de sainte Euphrosine) et l’abbaye devient un prieuré de chanoines réguliers de Saint-Augustin.

Une représentation datée de 1640 figure l’abbaye entourée de fossés ; à cette période elle compte encore le cloître et les bâtiments réguliers élevés perpendiculairement à l’église (voir en lien web).

En 1652, un détachement de l’armée du maréchal de Turenne pille le monastère, brûle les archives et détruit une partie des bâtiments réguliers.

Les bâtiments de l’abbaye se dégradent au XVIIIe siècle. Un tableau de Jean-Baptiste Oudry daté de 1736 figure l’église qui comporte encore son clocher (voir en lien web). En 1761, le prieuré est dans un état proche de la ruine : seuls trois religieux et le prieur sont encore sur place. Les chanoines quittent le prieuré et s’installent à Saint-Léger de Soissons. L’église devient alors paroissiale.

Les bâtiments, devenus biens nationaux, sont vendus entre 1791 et 1793.

Les restaurations du XIXe siècle et la protection au titre des Monuments historiques

L’état de conservation de l’église au milieu du XIXe siècle est connu grâce aux dessins et observations de Maximilien Mimey (1826-188), architecte en chef des Monuments historiques : la rose de l’élévation ouest a été remplacée par deux lancettes et la porte de l’élévation sud est condamnée (voir en lien web) ; à l’intérieur, les murs sont badigeonnés de lait de chaux, le sol surélevé, les parties inférieurs des arcatures rongées, et des fenêtres aveuglées à différentes hauteurs ; les murs sont recouverts de boiseries du XVIIe siècle. Le clocher a disparu.

De premiers travaux sont entrepris sous la direction de Maximilien Mimey (assainissement, réparations des maçonneries) mais un manque de logique et le peu de soin apporté aux travaux entraine son remplacement par Maurice Ouradou (1822-1884) puis par Jean Juste Gustave Lisch (1828-1910) de 1885 à 1893 (travaux effectués sur les extérieurs, les charpentes, la couverture ; la rose est refaite et seul son pourtour est d’origine). La salle capitulaire dont la toiture est effondrée est restaurée en 1892. En 1881, une sacristie est aménagée entre l’église et la salle capitulaire (voir lien en web).

Durant cette période de restauration, l’église est classée au titre des Monuments historiques en 1862 puis la salle capitulaire en 1889.

En 1991-1993, la couverture d’ardoise est remplacée par de la tuile plate.