Le premier beffroi de Comines est construit sous Baudouin de Comines, également à l'origine de la charte communale de 1276. Jusqu'au début du 17e siècle, il subit dégradations et incendies. Les sources soulignent ces états en 1383, en 1427 et en 1579. Comme l'indique la date portée sur l'élévation du beffroi, en 1623, les échevins de la ville décident de reconstruire l'édifice à cette date et de l'accompagner d'un hôtel de ville et d'une halle.

En 1918, l'hôtel de ville et son beffroi sont dynamités par les Allemands. En 1922, la municipalité fait appel à Louis-Marie Cordonnier (1854-1940), architecte régional emblématique de la Première Reconstruction pour le réaménagement complet de la place de ville. Tandis que la reconstruction de l'église Saint-Chrysole est confiée à Maurice Storez et Dom Paul Bellot, Louis-Marie Cordonnier s'attribue celle de l'hôtel de ville qu'il conçoit dans un style néo-flamand sur une ossature de béton armé. L'hôtel de ville qui était auparavant au sud de l'église est déplacé à l'ouest de façon à faire face à l'église. Le beffroi est reconstruit à l'identique en 1927 avec une volonté affirmée de se référer à l'édifice antérieur en reprenant la date de 1623 sur la face sud du beffroi. L'ensemble est inauguré officiellement en 1929 - sans attendre les finitions - sous la présidence du ministre du Travail Louis Loucheur et achevé définitivement en 1932 (achèvement du beffroi). La reconstruction a duré dix ans, mobilisé une vingtaine d'entreprises et coûté 1 661 490 F.

Louis-Marie Cordonnier porte une grande attention à la qualité de la brique, ce qui lui permet d'être économe en sculpture. Il choisit la brique industrielle d'Orp-le-Grand au format de la petite brique moulée à la main de Boom. Grès et pierre naturelle sont remplacés par de la pierre reconstituée, dure ou demi-dure, blanche ou grise, imitant la pierre de Savonnière ou le granite de Baveno. Les charpentes ne sont plus en bois de chêne ou de sapin mais en béton armé, les couvertures d'ardoise. L'hôtel de ville reçoit des verrières dessinées par l'historien cominois André Schoonhere évoquant l'industrie textile, les seigneurs de Comines et la fête des Louches.

L'hôtel de ville est inscrit Monument historique en 2001 et son beffroi est inscrit sur la liste du patrimoine mondial de l'Unesco en 2005.