Du fait de son emplacement stratégique, Paissy profite d´une occupation ancienne, dès la Gaule antique, les fouilles effectuées dans les creuttes du village attestant cette présence humaine. La paroisse est mentionnée dans les textes pour la première fois sous le vocable Paxiacus Viculus ou Passeium en 1134. Son appellation définitive se fixe vers 1674. Paissy passe au 12e siècle aux mains de l´abbaye bénédictine Saint-Jean de Laon. Celle-ci vend le village en 1238 au chapitre cathédral de Laon, qui lui restitue à nouveau en 1562. Placé sous le patronage de saint Remi, la commune a à souffrir de l'invasion espagnole sous Philippe II puis des guerres de religion. En 1814, Napoléon se bat sur le territoire de Paissy, au lieu-dit "Champs de Bataille" et "Champs de Valeur" alors que les Russes campaient dans le village même. D'après la tradition orale, le château de Paissy se trouvait en face de l'actuelle église. Lors de la Première Guerre mondiale, le village est largement investi. Du 25 au 27 octobre 1914, les combats s'acharnent sur Paissy et Troyon. Situé au sud du Chemin des Dames, la commune sert alors de base aux attaques militaires en direction de la Caverne du Dragon. En novembre de la même année, le site n´est plus qu´un champ de ruines et est alors classé Zone Rouge. Les premiers déblaiements commencent en juin 1920. L´exécution du nouveau plan d'alignement est confiée à Monsieur Gambert, géomètre à Beaurieux. La reconstruction subit de nombreux retards. En raison de l´insuffisance des ressources, le lavoir ne peut être reconstruit. Paissy reçoit l´aide des communes de Saint-Gal dans le Puy-de-Dôme, de la Cunivoie et de la Bourboule (adoption) : la somme affectée par cette dernière sert à assurer l´électrification de Paissy en 1926 ainsi que la mise en place de fontaines et la distribution de l´eau courante.